Contrôle épigénétique du risque de montaison chez une plante de grande culture : la betterave sucrière : mise au point d'une stratégie de caractérisation d'épiallèles associés à la sensibilité à la montaison en vue de l'élaboration d'un test de sélection, Epigenetic control of the bolting risk in a crop plant : sugar-beet : the development of a strategy to characterize epialleles associated with bolting sensivity, with a view to implementation as a selection tool

UNIVERSITÉ D’ORLÉANS



ÉCOLE DOCTORALE SCIENCES ET TECHNOLOGIES
Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures, UPRES EA 1207
- INRA, USC2030 Arbres et Réponses aux ContrainHteysd rique et Environnementales

THÈSE
présentée par :

Marie-Véronique GENTIL

Soutenue le : 27 Janvier 2009

pour obtenir le grade de : Docteur de l’université d’Orléans
Discipline/ Spécialité : Physiologie et biologie des organismes et des populations

Contrôle épigénétique du risque de montaison chez une
plante de grande culture : la betterave sucrière.
Mise au point d’une stratégie de caractérisation
d’épiallèles associés à la sensibilité à la montaison en vue de
l’élaboration d’un test de sélection.

THÈSE dirigée par :

Daniel HAGÈGE Professeur, Université d’Orléans
Stéphane MAURY Maître de Conférences HDR, Université d’Orléans

RAPPORTEURS :

Françoise CORBINEAU Professeur, Université Pierre et Marie Curie, Paris
Alain RIVAL Chercheur HDR, CIRAD, Montpellier


JURY :

Denis TAGU Directeur de recherche, INRA, Rennes – Président du jury
Steve BARNES Docteur, Manager scientifique, Entreprise SES-VanderHave, Tienen, Belgique
Franck BRIGNOLAS Professeur, Université d’Orléans
Françoise CORBINEAU Professeur, Université Pierre et Marie Curie, Paris
Daniel HAGÈGE Professeur, Université d’Orléans
Claude JOSEPH Maître de Conférences HDR, Université d’Orléans
Stéphane MAURY Maître de Conférences HDR, Université d’Orléans
Alain RIVAL Chercheur HDR, CIRAD, Montpellier







Tiens, on dirait un
groupement méthyle
sur cette cytosine !
Watson & Crick
Là où tout a commencé…
















































à mon père
à mon oncle Paul
Remerciements



Je tiens tout d'abord à remercier l'ensemble des membres du jury pour avoir accepté de lire et de juger
cette thèse :
- Merci à Françoise Corbineau et Alain Rival d'avoir accepté la "lourde" tâche de rapporteurs.
- Merci à Steve Barnes, Franck Brignolas, Claude Joseph et Denis Tagu pour avoir accepté d'être
examinateurs.

Je tiens également à remercier le conseil régional de la région Centre et l'entreprise SESVanderHave
pour avoir financé ce projet. Je tiens particulièrement à remercier Marc Lefebvre et de nouveau Steve
Barnes pour leur accueil sans faille et leur enthousiasme pour l'ensemble de nos résultats. J'espère
Steve, que tu ne trouveras pas que ce travail ressemble à une "stamps collection".

Je remercie Francis Delmotte pour m'avoir accueillie au sein du Laboratoire de Biologie des Ligneux et
des Grandes Cultures.

Je tiens à remercier Daniel Hagège pour m'avoir proposé ce sujet et pour toute la confiance qu'il m'a
accordée dans ce projet.

J'aimerais exprimer ma plus sincère reconnaissance envers Stéphane Maury. Tout d'abord pour
m'avoir accepté en tant que stagiaire dès le master 2 et cela malgré mon passé de "prépa-capessienne",
puis pour m'avoir permis de poursuivre en thèse et d'entrer dans le monde de la biologie moléculaire
et surtout de l'épigénétique. J'ai beaucoup apprécié tes qualités professionnelles et humaines (humour
caustique et bons conseils)… Merci pour tout.

Je tiens aussi à remercier Claude Joseph pour tous ses précieux conseils et le temps qu'il a consacré à
relire tous mes projets d'articles et mes différentes versions du manuscrit. Nos petits cafés vont me
manquer.

Je remercie Franck Brignolas pour sa séance de stats et pour m'avoir laissé le remplacer lors des TP
d'anatomie végétale qui resteront des souvenirs inoubliables (surtout pour mes étudiants).

Je souhaite aussi remercier Alain Delaunay pour ses encouragements, son aide irremplaçable jusqu'à
ma période de "nervous breakdown" au moment de finaliser et d'imprimer le manuscrit. Nos
discussions au laboratoire me manqueront, ainsi que tes sifflements mélodieux dans les couloirs.

J'aimerai remercier : Francoise Chefdor ma collègue du bout du labo avec qui je me sentais moins
seule, Sabine Carpin pour ses paroles réconfortantes et sa bonne humeur. Je remercie également
François Héricourt pour ses conseils et pour m'avoir prêté son exemplaire de thèse à un moment
crucial. Je tiens également à remercier Gilles Moreau pour avoir toujours été disponible pour moi lors
de mes nombreux problèmes informatiques (à bas les ordinateurs administrés!). J'adresse mes
remerciements à l'ensemble des membres du LBLGC : Christiane Depierreux, Aurélien Sallé, Cécile
Barbaroux, Dominico Morabito, Stéphanie Bankhead, Laurent Jean-Alphonse, François Lieutier,
Valérie Altemayer, Jean-Claude Vala, Daniel Auguin…

J'ai également une pensée reconnaissante envers Isabelle Fauchier pour son humour et son aide lors de
mes nombreuses commandes.

Je tiens aussi à remercier Simonne Bossard sans qui mon cursus universitaire n'aurait pas été le
même, Isabelle Lejan pour sa disponibilité et son aide lors des TP d'anatomie, Xavier Pineau pour sa
compagnie lors de nos repas au RU et surtout sa "diligence" à engouffrer ses repas, source intarissable
de discussion, Carine Martin pour sa gentillesse et Estelle Boulmier.
Bien sûr je tiens particulièrement à remercier les nombreux thésards et stagiaires que j'ai côtoyé au
sein du LBLGC:

Je souhaite remercier les "Yougos" : Adisa, Sonja et Dubravko qui m'ont accueillie lors de mon arrivée
au laboratoire.

Je tiens à remercier Delphine Gourcilleau pour avoir réussi à me supporter plus d'une année dans le
même bureau. La journée de manip "test enzymatique" restera également gravée dans ma mémoire.

Je tiens également à remercier mes deux anciens stagiaires devenus grands : Carole et Clément, qui
ont participé à rendre cette troisième année thèse et notamment la mise au point de la PCR au bisulfite
inoubliable ! Merci à vous deux, et à Claire pour votre aide et votre soutien lors de la rédaction de
mon manuscrit. Claire je te laisse mon bébé, bon courage à toi pour la suite.

J'aimerai remercier mes "girl friends" : Agnès pour ses bons conseils, Fotini pour avoir été un modèle
de persévérance et pour son accueil en Grèce à un moment clé de ma thèse, Coralie avec qui tous les
bons moments et les longues discussions "remontage de moral" vont me manquer et Sophie. Merci
également à Romain, Bruno pour son humour, Ludo (pour ses cigarettes de la dernière chance),
Thomas, Sylvain (tic) et Régis (tac) pour votre gentillesse.

Je n'oublie pas de remercier mes géologues (et physiciens) préférés pour les soirées auxquelles vous
m'avez invitées même si j'étais toujours fatiguée et souvent débordée : Jérem & Marina, Paulo &
Joséphine, Jérom, Juju (Caliméro), Yanouche, Charles & Flo (les Rennais), Romain "Coch" & Caro,
Johann & Nat, Mat, Prisc', Oman, Bibou & Angélique, Fred & Lulu, Pablo …et tous ceux que j'oublie

Merci également aux personnes de l'INRA d'Orléans: Jean-Paul Charpentier et Nathalie Noel-Boizot
pour leur gentillesse et leur disponibilité lors de mes longues journées "radioactivité". Merci à Marie-
Claude Lesage-Descauses, Emmanuelle Magnoux pour leurs conseils et leurs séquençages
irréprochables.

Merci aux personnes du Laboratoire de Neurobiologie : Céline, Olivier, Marie-Yvonne ; et notamment
les (anciens) thésards et post-doc : Yohan, Mélanie, Guilhem, Matthieu et Hélène (merci encore pour le
super thermocycleur).

Pour finir et bien que cela semble évident, je remercie ma famille :
Jean-marie pour avoir été un oncle discret mais toujours là en cas de besoin