BIOSTATISTIQUES AVANCEES
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Master Biologie Intégrative et Physiologie
ère1 année
BIOSTATISTIQUES
AVANCEES
Yves Desdevises
Laboratoire Arago, Banyuls-sur-Mer (www.obs-banyuls.fr)
04 68 88 73 13
desdevises@obs-banyuls.fr
http://desdevises.free.fr
http://www.edu.upmc.fr/sdv/desdevises
2009-2010 PLAN
1. Rappels : données, tests, plans d’expérience, distributions
2. Comparaison de 2 groupes : variances et moyennes
3. Comparaison de plus de 2 groupes : test d’homogénéité des
variances, analyse de variance à 1 et 2 facteurs
4. ANOVA à 2 facteurs avec répétitions, ANOVA hiérarchique
5. Relations entre variables : corrélation, régression simple et
multiple
6. Analyse de covariance
7. Analyse multivariable : matrices d’associations, groupement
8. Analyse multivariable : ordination, test de Mantel
9. Analyse de survie Quelques références
Générales•
rdSokal RR & Rohlf FJ. 1995. Biometry. 3 Edition, Freeman and •
co., New York.
rdZar JH. 1996. Biostatistical Analysis. 3 Edition, Prentice-Hall •
International, Inc.
Frontier S, Davoult D, Gentilhomme V & Lagadeuc Y. 2001. •
Statistique pour les sciences de la vie et de l’environnement.
Cours et exercices corrigés. Dunod.
Triola MM & Triola MF. 2006. Biostatistics for the Biological •
and Health Science. Pearson. Traduction française en 2009 :
Biostatistiques pour les sciences de la vie et de la santé.
Samuels ML & Witmer JA. 2003. Statistics for the Life •
rdSciences. 3 Edition. Prentice Hall, Pearson.
Blair RC & Taylor RA. 2008. Biostatistics for the Health ...
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ère1 année
BIOSTATISTIQUES
AVANCEES
Yves Desdevises
Laboratoire Arago, Banyuls-sur-Mer (www.obs-banyuls.fr)
04 68 88 73 13
desdevises@obs-banyuls.fr
http://desdevises.free.fr
http://www.edu.upmc.fr/sdv/desdevises
2009-2010 PLAN
1. Rappels : données, tests, plans d’expérience, distributions
2. Comparaison de 2 groupes : variances et moyennes
3. Comparaison de plus de 2 groupes : test d’homogénéité des
variances, analyse de variance à 1 et 2 facteurs
4. ANOVA à 2 facteurs avec répétitions, ANOVA hiérarchique
5. Relations entre variables : corrélation, régression simple et
multiple
6. Analyse de covariance
7. Analyse multivariable : matrices d’associations, groupement
8. Analyse multivariable : ordination, test de Mantel
9. Analyse de survie Quelques références
Générales•
rdSokal RR & Rohlf FJ. 1995. Biometry. 3 Edition, Freeman and •
co., New York.
rdZar JH. 1996. Biostatistical Analysis. 3 Edition, Prentice-Hall •
International, Inc.
Frontier S, Davoult D, Gentilhomme V & Lagadeuc Y. 2001. •
Statistique pour les sciences de la vie et de l’environnement.
Cours et exercices corrigés. Dunod.
Triola MM & Triola MF. 2006. Biostatistics for the Biological •
and Health Science. Pearson. Traduction française en 2009 :
Biostatistiques pour les sciences de la vie et de la santé.
Samuels ML & Witmer JA. 2003. Statistics for the Life •
rdSciences. 3 Edition. Prentice Hall, Pearson.
Blair RC & Taylor RA. 2008. Biostatistics for the Health ...
Master Biologie Intégrative et Physiologie 1èreannée
BIOSTATISTIQUES AVANCEES
Yves Desdevises Laboratoire Arago, Banyuls-sur-Mer (www.obs-banyuls.fr) 04 68 88 73 13 desdevises@obs-banyuls.fr http://desdevises.free.fr http://www.edu.upmc.fr/sdv/desdevises
2009-2010
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
PLAN Rappels : données, tests, plans dexpérience, distributions
Comparaison de 2 groupes : variances et moyennes
Comparaison de plus de 2 groupes : test dhomogénéité des variances, analyse de variance à 1 et 2 facteurs
ANOVA à 2 facteurs avec répétitions,ANOVA hiérarchique
Relations entre variables : corrélation, régression simple et multiple
Analyse de covariance
Analyse multivariable : matrices dassociations, groupement
Analyse multivariable : ordination, test de Mantel
Analyse de survie
uel références Générales Sokal RR & Rohlf FJ. 1995. Biometry. 3rd andEdition, Freeman co., New York. Zar JH. 1996. Biostatistical Analysis. 3rdEdition, Prentice-Hall International, Inc. Gentilhomme D, & Lagadeuc V 2001. Y.Frontier S, Davoult Statistique pour les sciences de la vie et de lenvironnement. Cours et exercices corrigés. Dunod. Triola MM & Triola MF. 2006. Biostatistics for the Biological and Health Science. Pearson.Traduction française en 2009 : Biostatistiques pour les sciences de la vie et de la santé. JA. WitmerSamuels ML & for the Life 2003. Statistics Sciences. 3rdEdition. Prentice Hall, Pearson. Blair RC & Taylor for the Health RA. 2008. Biostatistics Sciences. Prentice Hall, Pearson.
Simplifiées 2003. Choosing and Using Statistics.A BiologistsDytham C. Guide. 2ndEdition. Blackwell Publishing. 2005. Statistics Explained.McKillup S. University Cambridge Press. 2008. Statisticsvan Emden H. Biologists. Terrified for Blackwell Publishing.
Plus spécialisées Legendre P & Legendre L. Ecology. 1998. Numerical 2ndEnglish Edition. Development in Environmental Modelling, 20. Elsevier. in Ecology. CambridgeUnderwood AJ. 1997. Experiments University Press.
Quelques logiciels
R (www.r-project.org)
Page web de Pierre Legendre (www.bio.umontreal.ca/ legendre)
Statdisk (http://statdisk.com/)
XLStat (www.xlstat.com)
Minitab (www.minitab.com)
JMP (www.jmp.com)
Statistica (www.statsoft.com)
SAS (www.sas.com/technologies/analytics/stat)
1. INTRODUCTION RAPPELS
Etude scientifique des donnéesStatistique : numériques décrivant les variations naturelles Biatsotsiteuqi Application à la biologie Biometry décider de la méthode à utiliserImportant : savoir naîtconBienohtésedlermsensioco:itnd dutilisation, limitations, ... Penser aux statistiquesavantde collecter les données
Utilité et utilisation des statisti en biolo ie Description Vue synthétique et rationnelle des données
Inférence Economie de travail par létude déchantillons représentatifs Décision Test dhypothèse
Pourquoi utiliser les statistiques en biologie?
des résultats expérimentauxBiologie : incertitude ou des observations Variabilité génétique Variabilité de réaction individuelle Variabilité du développement
Définitions
Objet = observation = élément = unité déchantillonnage : élément sur lequel on mesure des caractéristiques (variables)
ensembleEchantillon : des objets Population cible : ensemble des objets visés par une étude scientifique Population statistique : ensemble des objets représentés par léchantillon. Cest sur elle que se fait linférence
Variable = descripteur = facteur = trait : caractéristique mesurée ou observée sur les objets. Ex : longueur, température, ... Variable dépendante (Y) = réponse Variable indépendante (X) = explicative dun processusVariable aléatoire : résultat aléatoire, valeur précise inconnue avant la mesure
par lexpérimentateur, décidéeVariable contrôlée : erreur = mesure seulement
