Sources de carbone et d'acides gras essentiels pour les juvéniles de Liza saliens (Pisces, Mugilidae) dans le réseau trophique d'une lagune côtière méditerranéenne : approches in situ par biomarqueurs lipidiques et isotopiques

UNIVERSITE BLAISE PASCAL UNIVERSITE D’AUVERGNE
N° D.U. 2055 Année 2010

ECOLE DOCTORALE SCIENCES DE LA VIE, SANTE,
AGRONOMIE, ENVIRONNEMENT
N°d’ordre 527


Thèse
Présentée à l’Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II
en vue d’obtenir le grade de

DOCTEUR D’UNIVERSITE
Spécialité : Ecologie et Biologie des Populations

Soutenue le 24 septembre 2010 par
Apostolos-Manuel Koussoroplis


SOURCES DE CARBONE ET D’ACIDES GRAS ESSENTIELS POUR LES
JUVENILES DE Liza saliens (Pisces, Mugilidae) DANS LE RESEAU
TROPHIQUE D’UNE LAGUNE COTIERE MEDITERRANEENNE :

Approche in situ par biomarqueurs lipidiques et isotopiques


Pr. Gilles BOURDIER, LMGE, Université Blaise Pascal Président du jury
Pr. Christian DESVILETTES, LMGE, Université Blaise Pascal Directeur de thèse
Dr. Alexandre BEC, LMGE, Univ Co-directeur de thèse
Pr. Benoît SAUTOUR, EPOC, Université de Bordeaux Rapporteur
Dr. Martin KAINZ, WasserCluster Lunz, Autriche
Dr. Christel LEFRANCOIS, LIENSs, Université de la Rochelle Examinateur





LMGE/UMR CNRS 6023/Université Blaise Pascal
Divérsité Specifique et Fonctionnelle des Réseaux Trophiques Aquatiques
24, av. des Landais –Bât. Biologie A – 63173 AUBIERE
tel-00600250, version 1 - 14 Jun 2011
tel-00600250, version 1 - 14 Jun 2011Remerciements
Cette étude a été réalisé dans le laboratoire « Microorganismes : Génome et Environnement », UMR
CNRS 6023 et le « Ficheries Research Institute » (Greek National Agricultural Research Foundation : NAGREF)
de Nea Peramos, dirigés respectivement par Christian AMBLARD et Argyris KALANIOTIS que je remercie
pour leur accueil et la disponibilité qu’ils ont fait preuve tout au long de ce travail.
Ces recherches ont pu être menées à bien grâce à une Bourse du Ministère de l’Enseignement Supérieur
et de la Recherche dont j’ai bénéficié pendant trois ans ainsi qu’un soutien financier et matériel du NAGREF.
Je tiens à remercier mes directeurs de thèse, Christian DESVILETTES et Alexandre BEC, pour leur
soutien et leur guidance tout au long de ce travail. Merci d’avoir fait de moi un jeune Jedi et de m’avoir initié
aux secrets de la Force !
Je souhaite également remercier Gilles BOURDIER, Manos KOUTRAKIS et Marie-Elodie PERGA,
pour avoir participé activement et significativement à ce travail. Leur soutien et leur expertise ont été
déterminants.
Toute ma gratitude s’adresse également à Benoît SAUTOUR et Martin KAINZ qui m’ont fait l’honneur
d’être rapporteurs de cette thèse et à Christel LEFRANCOIS pour avoir accepté de juger ce travail.
Je souhaite aussi remercier:
Lionel JOUVE, concepteur et constructeur du PESCADOU I (figure 2.5) et II (sa version motorisé et
téléguidé), notre « Q » (Bond et al. 007) à nous, qui par son ingéniosité a pu réaliser nos idées de « gadgets » les
plus folles !
Yaurick VAN DEN BERG, qui tel un fidèle « Sancho Pancha », m’a suivi en Grèce, a pataugé dans la
vase, a traqué le mulet et a trié le copépode…
Merci à Emilie DUFAUD, qui est arrivée telle une « Déesse ex machina » au bon moment, appris en
deux temps trois mouvements tous les secrets des lipides et m’a épaulé considérablement dans mon travail.
Katerina KADEMOGLOU et Sébastien BRET pour m’avoir (énormément) aidé avec mes contenus
stomacaux et mes tris de bestioles plus petites les unes que les autres.
Anastasia, Argyris, Ioanna, Dimitris et Panagiotis pour leur aide précieuse sur le terrain.
Stephanne FRAISSE pour ses comptages de zooplancton que je n’ai malheureusement pas pu exploiter
ici…
Nathalie FRUQUIERE pour sa disponibilité, sa bonne humeur et surtout sa patience.
Les pécheurs de la coopérative, ces « corsaires lagunaires », qui m’ont permis d’entrer dans leur
« territoire », m’ont offert leur bateau, leur expertise, leur café frappé, leur repas et leur ouzo.

Je dois également remercier mes collègues et surtout amis: Tout d’abord, Charles, qui en me proposant
un rôle de stagiaire médecin légiste dans « Les Experts :qu’-ce-qui-a-bien-pu-tuer-cette-loutre-morte-bourrée-de-
pesticides ?» m’a permis de faire mes premiers pas dans le recherche et m’accompagne depuis. Ensuite les
anciens locataires du bureau bleu , (les Charlie’s Angels) Anne-Catherine, Anne-Hélène et Emilie, qui m’ont
accueilli, soutenu et chouchouté! Et enfin, les nouveaux locataires du bureau bleu et du bureau jaune : Hélène,
Marion, Mélanie (les Charlie’s et Manu’s Angels), Guillaume, Jeremy et Jeff pour leur amitié, leur soutien
moral, leur humour, leur bonne humeur, leurs moments de folie (et leur super cadeau de thèse). J’ai eu une
chance incroyable de vous rencontrer et de passer ces années de thèse avec vous. Vous êtes des belles
personnes ! En sachant que j’allais vous voir (pour certaines, toute la sainte journée !!), me lever le matin pour
venir au labo a été un plaisir (presque) tous les jours!

Je remercie tout particulièrement mes parents ainsi que ma petite sœur pour leurs encouragements et
leur soutien (moral et financier) infaillible tout au long de mes études universitaires. Merci d’avoir toujours eu
confiance en moi et de m’avoir offert tout ce qui faut pour réussir dans la vie.

Enfin, ma pensée va vers Laura, qui partage mon quotidien depuis le début, et qui m’a soutenu,
encouragé, rassuré, nourri, blanchi et supporté le long de cette thèse. Je vais avoir toute une vie pour te montrer
ma gratitude…

tel-00600250, version 1 - 14 Jun 2011






































…A mes deux grands-pères, Apostolos et Louis
tel-00600250, version 1 - 14 Jun 2011RESUME
Les lagunes côtières Méditerranéennes constituent des zones de nourrissage pour les juvéniles de
plusieurs espèces de poissons côtiers. C’est sur cet apport constant en juvéniles ainsi que sur les ressources
trophiques du milieu que s’appuie l’aquaculture extensive dans la lagune Vassova (Préfecture de Kavala, Grèce).
Afin d’optimiser la production piscicole, il apparaît important d’identifier les processus favorisant la survie et la
croissance des jeunes poissons.
Ce travail s’est focalisé sur une espèce communément exploitée dans les lagunes Méditerranéennes : le
mulet sauteur Liza saliens (Mugilidae). Notre étude s’est attachée à identifier les ressources trophiques soutenant
la croissance des juvéniles de L. saliens (15 - 50 mm, longueur totale / LT) et à préciser leur qualité
nutritionnelle en termes d’apports en acides gras polyinsaturés (AGPI). Ainsi, pendant la période de colonisation
de la lagune Vassova par L. saliens (Juin - Novembre), des prélèvements mensuels de poissons (juvéniles de L.
saliens et principales espèces piscicoles sédentaires), de leurs proies potentielles, et des différentes sources de
matière organique ont été effectués sur deux stations de la lagune. Une approche combinant l’analyse des
biomarqueurs lipidiques, l’analyse isotopique et l’analyse des contenus stomacaux a été adoptée afin d’identifier
les sources de carbone soutenant la croissance des jeunes L. saliens. Les analyses lipidiques ont également
permis de suivre l’évolution de la composition en AG des lipides membranaires (lipides polaires : LP) et de
stockage (lipides neutres : LN) des juvéniles de L. saliens durant leur premiers mois de vie lagunaire. Enfin, en
déterminant par GC-C-IR-MS la composition isotopique des AGPI assimilés par L. saliens, il a été possible
d’identifier l’origine de ces composés essentiels.
Nos résultats montrent qu’à leur arrivé dans la lagune, les juvéniles (~15 mm, LT) se nourrissent
exclusivement d’organismes planctoniques. Lorsque les juvéniles atteignent les 20 mm (LT), ils passent
progressivement vers une alimentation principalement basée sur des proies benthiques. Ce changement de
régime alimentaire se traduit par une diminution importante des apports alimentaires en 22:6 ω3. A cet égard, les
résultats obtenus en GC-C-IRMS montrent que chez L. saliens cet AGPI a comme toute première origine, les
microorganismes du compartiment planctonique. Il apparaît donc qu’au cours de leur transition du milieu
planctonique marin vers le milieu benthique lagunaire, les juvéniles d