Recherche de régions génomiques conservées - Modèle ...
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Recherche de régions génomiques
conservées
Modèle mathématique et test statistique
1 2S. Grusea, E. Pardoux V. Lopez Rascol, P. Pontarotti
1L.A.T.P., C.M.I.
2Laboratoire de Phylogénomique EA 3781 Évolution Biologique
Université de Provence
Séminaire des doctorands, 21 janvier 2006
Simona Grusea (L.A.T.P.) Régions génomiques conservées Test statistique 1 / 19 1 Introduction
Contexte biologique
Significativité
2 Modèle mathématique
Formulation du problème
Test statistique
Solution par la méthode de Monte Carlo
3 Vers une solution plus mathématique
Modèle mathématique simplifié
Exemple : le cas sans familles de gènes
Comportement asymptotique
Conclusion
Simona Grusea (L.A.T.P.) Régions génomiques conservées Test statistique 2 / 19 Région conservée (cluster conservé de gènes) :
deux régions chromosomiques ayant un certain nombre de gènes
orthologues en commun.
Recherche de régions conservées :
Chez une espèce A : région chromosomique fixée
(région de référence)
On cherche chez une autre espèce B des régions génomiques
similaires.
Régions génomiques conservées
Intérêt : inférer
des relations évolutives entre espèces
des gènes sous une pression fonctionnelle sélective.
Simona Grusea (L.A.T.P.) Régions génomiques conservées Test statistique 3 / 19 Recherche de régions conservées :
Chez une espèce A : région chromosomique fixée
(région de référence)
On cherche chez une autre espèce B des régions génomiques
similaires.
Régions génomiques conservées
Intérêt : inférer
des relations ...
Voir
conservées
Modèle mathématique et test statistique
1 2S. Grusea, E. Pardoux V. Lopez Rascol, P. Pontarotti
1L.A.T.P., C.M.I.
2Laboratoire de Phylogénomique EA 3781 Évolution Biologique
Université de Provence
Séminaire des doctorands, 21 janvier 2006
Simona Grusea (L.A.T.P.) Régions génomiques conservées Test statistique 1 / 19 1 Introduction
Contexte biologique
Significativité
2 Modèle mathématique
Formulation du problème
Test statistique
Solution par la méthode de Monte Carlo
3 Vers une solution plus mathématique
Modèle mathématique simplifié
Exemple : le cas sans familles de gènes
Comportement asymptotique
Conclusion
Simona Grusea (L.A.T.P.) Régions génomiques conservées Test statistique 2 / 19 Région conservée (cluster conservé de gènes) :
deux régions chromosomiques ayant un certain nombre de gènes
orthologues en commun.
Recherche de régions conservées :
Chez une espèce A : région chromosomique fixée
(région de référence)
On cherche chez une autre espèce B des régions génomiques
similaires.
Régions génomiques conservées
Intérêt : inférer
des relations évolutives entre espèces
des gènes sous une pression fonctionnelle sélective.
Simona Grusea (L.A.T.P.) Régions génomiques conservées Test statistique 3 / 19 Recherche de régions conservées :
Chez une espèce A : région chromosomique fixée
(région de référence)
On cherche chez une autre espèce B des régions génomiques
similaires.
Régions génomiques conservées
Intérêt : inférer
des relations ...
Recherche de régions génomiques conservées Modèle mathématique et test statistique
S. Grusea, E. Pardoux1
V. Lopez Rascol, P. Pontarotti2
1L.A.T.P., C.M.I.
2Laboratoire de Phylogénomique EA 3781 Évolution Biologique Université de Provence
Séminaire des doctorands, 21 janvier 2006
Simona Grusea (L.A.T.P.)
Régions génomiques conservées
Test statistique
1 / 19
1
2
3
Introduction Contexte biologique Significativité
Modèle mathématique Formulation du problème Test statistique Solution par la méthode de Monte Carlo
Vers une solution plus mathématique Modèle mathématique simplifié Exemple : le cas sans familles de gènes Comportement asymptotique Conclusion
Simona Grusea
(L.A.T.P.)
Régions génomiques conservées
Test statistique
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Régions génomiques conservées
Intérêt :inférer des relations évolutives entre espèces des gènes sous une pression fonctionnelle sélective.
Simona Grusea
(L.A.T.P.)
Régions génomiques conservées
Test statistique
3 / 19
Régions génomiques conservées
Intérêt :inférer des relations évolutives entre espèces
des gènes sous une pression fonctionnelle sélective.
Région conservée (cluster conservé de gènes) : deux régions chromosomiques ayant un certain nombre de gènes orthologues en commun.
Simona Grusea
(L.A.T.P.)
Régions génomiques conservées
Test statistique
3 / 19
Régions génomiques conservées
Intérêt :inférer des relations évolutives entre espèces
des gènes sous une pression fonctionnelle sélective.
Région conservée (cluster conservé de gènes) : deux régions chromosomiques ayant un certain nombre de gènes orthologues en commun.
Recherche de régions conservées : Chez une espèce A : région chromosomique fixée (région de référence) On cherche chez une autre espèce B des régions génomiques similaires.
Simona Grusea (L.A.T.P.)
Régions génomiques conservées
Test statistique
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Recherche de régions conservées
1
Trouver les orthologues des gènes de la région de référence dans l’espèce B.
Simona Grusea
(L.A.T.P.)
Régions génomiques conservées
Test statistique
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Recherche de régions conservées
1
2
Trouver les orthologues des gènes de la région de référence dans l’espèce B. Chercher les régions avec une grande densité de gènes orthologues.
Simona Grusea
(L.A.T.P.)
Régions génomiques conservées
Test statistique
4 / 19
Recherche de régions conservées
1
2
3
Trouver les orthologues des gènes de la région de référence dans l’espèce B. Chercher les régions avec une grande densité de gènes orthologues. Tester si elles sontsignificatives(vraiment ’conservées’).
Simona Grusea
(L.A.T.P.)
Régions génomiques conservées
Test statistique
4 / 19
Recherche de régions conservées
1
2
3
Trouver les orthologues des gènes de la région de référence dans l’espèce B. Chercher les régions avec une grande densité de gènes orthologues. Tester si elles sontsignificatives(vraiment ’conservées’).
Simona Grusea
(L.A.T.P.)
Régions génomiques conservées
Test statistique
4 / 19
Recherche de régions conservées
1
2
3
Trouver les orthologues des gènes de la région de référence dans l’espèce B. Chercher les régions avec une grande densité de gènes orthologues. Tester si elles sontsignificatives(vraiment ’conservées’).
Région conservée significative : C’est très peu probable qu’elle soit apparue par hasa
Simona Grusea
(L.A.T.P.)
Régions génomiques conservées
rd.
Test statistique
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Recherche de régions conservées
1
2
3
Trouver les orthologues des gènes de la région de référence dans l’espèce B. Chercher les régions avec une grande densité de gènes orthologues. Tester si elles sontsignificatives(vraiment ’conservées’).
Région conservée significative : C’est très peu probable qu’elle soit apparue par hasard.
Test statistique adapté à l’approche de type région de référence qui prend en compte l’existence de familles de gènes orthologues.
Simona Grusea (L.A.T.P.)
Régions génomiques conservées
Test statistique
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