Mobilité des éléments traces métalliques dans les sédiments : couplage et comparaison des approches chimique et microbiologique, Mobility of trace metals in sediments : coupling and comparison of chemical and microbiological aspects

UNIVERSITE PARIS 12 – VAL DE MARNE


THESE


présentée pour obtenir le grade de

DOCTEUR de l’Université Paris 12 – Val de Marne

Spécialité : Sciences de l’Univers et de l’Environnement

par



Catherine GOUNOU






MOBILITE DES ELEMENTS TRACES METALLIQUES DANS LES
SEDIMENTS : COUPLAGE ET COMPARAISON DES APPROCHES
CHIMIQUE ET MICROBIOLOGIQUE












Soutenue le 09 juillet 2008 devant le jury :

M. Daniel THEVENOT Président du jury
M. Jacques BERTHELIN Rapporteur
M. Philippe CAMBIER e BATAILLARD Examinateur
Mme Tatiana VALLAEYS inatrice
M. Jean-Marie MOUCHEL Directeur de thèse
M. Noureddine BOUSSERRHINE
Remerciements
Remerciements

Au terme de cette thèse, effectuée conjointement au CEREVE et à l’UMR 137 IRD-BIOSOL
(équipe Biologie des Sols et des Eaux) de l’Université Paris12-Val de Marne, je souhaite
remercier un grand nombre de personnes qui, de près ou de loin, ont contribué à son
aboutissement.

En premier lieu, mes remerciements s’adressent aux personnes qui ont accepté de juger ces
recherches : Daniel Thévenot, Professeur Emérite du CEREVE qui m’a fait l’honneur de
présider le jury ; Philippe Cambier et Jacques Berthelin, directeurs de recherche,
respectivement à l’INRA de Versailles et au LIMOS-CNRS de Nancy qui se sont intéressés à
ce travail en tant que rapporteurs ainsi que Philippe Bataillard, chargé de recherche au BRGM
d’Orléans et Madame Tatiana Vallaeys, chargée de recherche à l’INRA de Jouy pour avoir
accepté d’endosser le rôle d’examinateur.

J’exprime ensuite toute ma reconnaissance à Jean-Marie Mouchel, Professeur au laboratoire
Sysiphe, de l’Université Pierre et Marie Curie, qui a pris le temps de diriger ce travail. Je lui
sais gré de ses conseils précieux, notamment pour l’interprétation des résultats et la rédaction
de ce mémoire.

J‘adresse également ma gratitude à Noureddine Bousserrhine, maître de conférences à l’UMR
BIOSOL (équipe Biologie des Sols et des Eaux), qui a co-encadré ma thèse durant ces 4
années. Grâce à lui, la découverte du monde mystérieux de la microbiologie et de la biologie
moléculaire fut passionnante. En outre, j’ai pris conscience de l’interaction entre la géochimie
et la microbiologie. Je le remercie également pour avoir pris le temps de me conseiller dans la
mise en œuvre des expériences, l’interprétation et la rédaction des résultats microbiologiques.
Un grand merci à Gilles Varrault, maître de conférences au CEREVE, qui m’a également
aidée pour l’interprétation des résultats des analyses de métaux et la relecture de mon
mémoire. Je lui suis reconnaissante d’avoir mis à ma disposition l’ICP-AES et d’avoir investi
dans un pH-stat pour mener à bien mes expérimentations.
Certains résultats n’auraient pu être obtenus sans la collaboration de Sophie Ayrault du
Laboratoire des Sciences du Climat et de l’Environnement pour l’analyse des métaux par ICP-
MS ni celle de Marie-Claude Millot et Mohamed Guerrouache de l’équipe des Systèmes
2Remerciements
Polymères Complexes pour leur aide scientifique et technique dans la séparation des acides
organiques par HPLC. Qu’ils trouvent ici mes très grands remerciements.

Merci à Catherine Lorgeoux et Mohamed Saad, ingénieurs au CEREVE pour leur aide
respective dans l’analyse par chromatographie ionique et du carbone organique dissous.

Cette thèse n’aurait pu avoir lieu sans l’obtention des matières premières : les sédiments ! Je
remercie donc le Service Navigable de la Seine pour nous avoir autorisés à effectuer les
prélèvements dans la Seine et la Marne et avoir mis à notre disposition son personnel très
sympathique et ses remarquables embarcations…dont une a malencontreusement coulé lors
de l’une de nos campagnes de prélèvements, conséquence d’un feu de moteur ! Les
prélèvements sont parfois source de prise de risques !

Je remercie tout le personnel des laboratoires du CEREVE et du LBSE, en particulier :
- Evelyne Garnier-Zarli, Professeur et Directrice du LBSE pour m’avoir accueillie au sein de
son laboratoire,
- Maman Catherine Martin, secrétaire très dévouée du LBSE pour m’avoir soutenue durant
toute ma thèse et en particulier lors de la rédaction et …
- mes «compagnonnes» de route, Jennifer Harris et Marieke Demoucron, doctorantes, avec
qui j’ai partagé ces 4 années de thèse au quotidien, pour leur bonne humeur et leur soutien
moral.

Enfin, je remercie mes parents qui m’ont toujours encouragée, tout particulièrement dans les
moments difficiles.
3Résumé
Résumé
Les activités anthropiques entraînent une contamination des sédiments de rivière en de nombreux
polluants et en particulier en éléments traces métalliques (ETM). Si la majorité des ETM se retrouvent
piégés dans les sédiments, ceux-ci peuvent être remobilisés et passer en solution dans certaines
conditions physico-chimiques et sous l’action des microorganismes autochtones. Les métaux relargués
peuvent alors constituer un danger potentiel pour les organismes vivants dans les sédiments et dans la
colonne d'eau.

Dans le cas des sols, l’impact de l’activité microbienne autochtone sur la mobilité des ETM a souvent
été rapporté. Cependant une telle activité de solubilisation n’a été que rarement étudiée dans le cas des
sédiments. Une telle connaissance est pourtant importante pour la prédiction du comportement des
métaux contenus dans les sédiments et la gestion de ces derniers, notamment lors de leur stockage
suite aux opérations de dragage.

Dans ce contexte, l’objectif de cette thèse a été de comprendre et d’évaluer l’importance de certains
des processus microbiens et chimiques de mobilité des ETM dans les sédiments en conditions
anaérobies.

La première phase de notre étude qui a consisté à incuber des sédiments de Seine et de Marne en
milieu anaérobie dopé en glucose avait pour objectif d’étudier la corrélation entre le métabolisme
microbien et le comportement des métaux en solution et dans les sédiments. Dans ces conditions
opératoires, une forte solubilisation du fer et du manganèse (sous forme réduite) associée à une
solubilisation de métaux traces (Co, Cu, Ni) a été mise en évidence, ce qui a laissé supposer
l’intervention de bactéries ferri-réductrices dans les phénomènes observés. Une activité fermentaire
importante a été observée et caractérisée par la production d’acides organiques majoritaires tels que les
acides acétique et butyrique. Un tel résultat souligne l’importance des bactéries fermentatrices dans les
phénomènes de dissolution observés.

La deuxième étape de ce travail a consisté à confirmer l’importance de l’activité ferri-réductrice et à
en identifier les acteurs principaux. Les analyses moléculaires menées ont montré que les bactéries
ferri-réductrices majoritairement identifiées, appartiennent aux espèces Clostridium butyricum et
Paenibacillus polymyxa. L’utilisation d’un modèle géochimique nous a permis de montrer que les
voies métaboliques supportant la réduction du fer et la mobilité des métaux étaient les fermentations
butyrique et acétique.

La troisième étape a consisté à comparer les impacts directs (réduction enzymatique) et indirects
(propriétés des acides organiques produits) de Paenibacillus polymyxa et Clostridium butyricum sur la
mobilité du fer, du manganèse et des autres métaux. Une telle étude a montré que les acides
organiques produits (acétique, lactique, succinique, propionique et butyrique) ont un très faible impact
sur la solubilisation aux pH rencontrés dans les sédiments et que la réduction enzymatique
microbienne est le principal mécanisme de dissolution des éléments métalliques en milieu anaérobie.


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