Etude In vitro de Phospholipases mycobactériennes impliquées dans la virulence, In vitro study of micobactérial Phospholipases involved in virulence

ECOLE DOCTORALE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE

UNIVERSITE DE LA MEDITERRANEE
FACULTE DES SCIENCES DE LUMINY

THESE
Présentée et soutenue publiquement le 26 Mars 2010 par
Jean-Claude BAKALA N’GOMA
En vue de l’obtention du grade de
Docteur de l’Université de la Méditerranée
Spécialité : Microbiologie Moléculaire et Biotechnologies

Etude In vitro des Phospholipases mycobactériennes
impliquées dans la virulence


Composition du JURY

Examinateurs Rapporteurs
Professeur James Sturgis : Président Professeur Michel Lagarde
Professeur Jean Louis Hermann Docteur Roland Brosch
Docteur Christophe Guilhot
Docteur Stéphane Canaan : Directeur de thèse


Travaux réalisés au sein du Laboratoire « d’Enzymologie Interfaciale et de Physiologie de la Lipolyse »
UPR9025 CNRS Marseille





Remerciements
Le travail présenté dans ce manuscrit a été réalisé dans le Laboratoire d’Enzymologie
Interfaciale et de Physiologie de la Lipolyse (EIPL) (UPR 9025) du CNRS Marseille, dirigé
par le Docteur Frédéric carrière, à qui je tiens à adresser ma profonde gratitude pour la
confiance qu’il m’a témoigné en acceptant de m’accueillir dans son laboratoire et pour m’avoir
permis de réaliser ce travail dans d’excellentes conditions scientifiques et matériels.
Je tiens à exprimer ma profonde reconnaissance au Professeur James STurgis d’avoir
accepté de présider ce jury.
Je remercie sincèrement au Professeur Michel Lagarde et au Docteur Roland Brosch
d’avoir accepté de consacrer une partie de leur temps à juger ce travail de thèse en tant que
rapporteurs et membres du jury.
J’adresse aussi mes sincères remerciements au Professeur Jean-Louis Hermann et au
Docteur Christophe Guilhot qui m’ont fait l’honneur d’évaluer mon travail et de participer à
mon jury de thèse en tant qu’examinateur.
J’ai réalisé ma thèse dans de très bonnes conditions que je souhaite à tout étudiant, et
je garderai un excellent souvenir de tous les moments que j’ai passé à l’EIPL. Pour cela je
voudrais remercier plusieurs personnes.
Je souhaite tout d’abord exprimer ma profonde reconnaissance au Docteur Stéphane
Canaan, mon directeur de thèse qui a accepté de me recevoir dans son équipe de recherche et
de me proposer ce sujet de thèse. Je le remercie pour avoir cru en moi et surtout pour toute
l’énergie qu’il a déployée pour la résolution du problème rencontré lors de l’obtention de mon
visa d’entrée en France. Je tiens à lui adresser mes plus vifs remerciements pour m’avoir suivi
tout au long de ce travail. J’ai beaucoup apprécié ses conseils, son aide, ses encouragements
lors des moments difficiles que nous avons rencontrés dans la réalisation de ce travail, et des
discussions scientifiques enrichissantes que nous avons eues. J’ai beaucoup appris de sa
grande capacité à gérer, sur le plan humain et scientifique, les sujets de recherche dont il a la
charge.
Que le Docteur Robert Verger accepte de recevoir l’expression de ma profonde
gratitude pour toute l’attention qu’il a portée à mes travaux et pour toutes les discussions
scientifiques que nous avons pu avoir. J’ai bénéficié de sa grande culture scientifique et de son
enthousiasme pour la recherche.
Je tiens à rendre tout particulièrement hommage au Professeur Frédéric Guédé
Guina, Directeur du Laboratoire de Pharmacodynamie Biochimique et responsable de mon
DEA, qui n’est malheureusement plus de ce monde, pour ses enseignements et ses conseils. Je
remercie aussi tous mes enseignants de la faculté des Sciences d’Abidjan (Côte d’Ivoire) et de
Remerciements
la faculté des Sciences de Brazzaville (Congo) pour la qualité de la formation scientifique
qu’ils m’ont apportée. Qu’ils trouvent ici l’expression de ma profonde gratitude.
Merci au Docteur Carole serveau-Avesque et au Docteur Jean-François Cavalier
pour avoir accepté de consacrer du temps à corriger ce manuscrit.
Je tiens aussi à remercier le gouvernement congolais pour avoir financé cette thèse
sans lequel ce travail n’aurait pas vu le jour.
Je remercie tous mes collègues de l’équipe Canaan j’ai cité Damien Maurin, Rabeb
Dhouib, Mathieu Schué, Vincent Delorme, Luc Dedieu, avec qui j’ai travaillé dans une
bonne ambiance. Je remercie Sylvie Fernandez avec qui on a partagé le même bureau et qui a
animé les discussions dans une bonne ambiance bien que ne faisant pas partie de notre
équipe.
Merci aussi aux nombreux stagiaires qui sont passés et qui ont contribué à la vie de
cette équipe.
Je souhaiterais aussi remercier Sylvie Robert pour l’aide qu’elle a pu m’apporter dans
les manipulations de chromatographie en couche mince.
Je tiens à remercier aussi Thierry Dostes et Gregory Antoni pour leur aide précieuse
en informatique et leur sympathie.
J’ai une pensée pour les Docteurs Michèle Asther et Alain De Caro chercheurs à
l’EIPL qui ne sont plus parmi nous. Je leur rends hommage pour leurs conseils et pour leurs
qualités humaines irréprochables.
Je remercie tous les membres de l’EIPL pour leur soutien, leur gentillesse et leur bonne
humeur. Je remercie particulièrement Isabelle Douchet pour m’avoir assisté dans la
réalisation de mes premières expériences à l’EIPL. Je voudrais aussi remercier Sacha Molinari
l’homme à tout faire du labo, pour son sens de l’humour et pour les services rendus.
Merci à tous ceux qui de près ou de loin ont contribué à l’aboutissement de ce travail
qui est le fruit d’une grande patience.
Pour finir je voudrais remercier du plus profond de mon cœur ma mère, mes sœurs et
frères et tous les autres membres de ma famille pour le soutien indéfectible qu’ils m’ont
apporté avant et tout au long de ma thèse.


Abréviations

Abréviations

AG Acide Gras
AP Acide Phosphatidique
ATCC "American Type Culture Collection"
ATS "American Thoracic Society"
BCG Bacille de Calmette et Guerin
BPF Bonnes Pratiques de Fabrication
BSA "Bovine Serum Albimine"
CD Cellules Dendritiques
CF "Cystic Fibrosis"
CFTR "Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator"
CIL Corps d’Inclusion Lipidique
CMC Concentration Micellaire Critique
CMH-I Complexe majeur d’Histocompatibilité de classe I
CMH-II Complexe majeur d’Histocompatibilité de classe II
CMI Concentrations Minimales Inhibitrices
CPA Cellules Présentatrices d’Antigènes
DAG Diacylglycérol
DAT 2,4-Diacyl-tréhalose
DC-SIGN "Dendritic Cell-Specific Intercellular aldhesion molecule -3-Grabbing Non-integrin"
DGL Diacylglycérol lipase
DIM Dimycocérosates de phthiocérol
DOTS "Directly Observed Treatment Short course"
DPPC Dipalmitoyl-Phosphorylcholine
DAPC 1-palmitoyl 2-Arachidonoyl-Phosphorylcholine
ECL "Enhanced chemilunescence
EMB Ethambutol
Erp "Exported repetitive protein"
FM "Foamy" macrophages
GPL Glycopeptidolipides
Icl Isocitrates lyases
IDR IntraDermoRéaction
Abréviations

IL-(x) Interleukine-(x)
INH Isoniazide
IPTG Isopropyl-β-D-Thiogalactopyranoside
ITL Infection Tuberculeuse Latente
LAM Lipoarabinomannane
LDH Lactate déshydrogénase
LLO Listeriolysin O
LM Lipomannane
LTC , D Leucotriènes C D 4 4 4, 4
MAC M. avium Complexe
MCL Mycobactéries à Croissance Lente
MCR Mycobactéries à Croissance Rapide
MDR "Multi Drug Resistant"
MMDAG Monoméromycolyldiacylglycerol
MNT Mycobactéries Non Tuberculeuses
MTP 5-Méthylthiopentose
NK "Natural Killer"
OMPLA "Outer Membrane Phospholipase A"
OMS Organisation Mondial de la Santé
PAF "Platelet-activating factor"
PAS Para-Amino Salicylique
PAT Polyacyltréhaloses
PC Phosphatidylcholine
PE Phosphatidyléthanolamine
PFO Perfringolysine O
PG Phosphatidylglycérol
PI Phosphatidylinositol
PIM Phosphatidylinositol Mannosides
PLA Phospholipase de type A 1 1
PLA Phospholipase de type A 2 2
PLC Phospholipase C
PLD Phospholipase D
p-NP para-nitrophénol
p-NPPC para-nitrophénylphosphorylcholine
Abréviations

PPD "Protein Purified Derivative"
PS Phosphatidylsérine
PZA Pyrazinamide
RM Récepteur au Mannose
RNI &q