Diversité phénotypique et génotypique de salmonelles isolées au Cambodge à partir d’échantillons biologiques alimentaires ou humains, Phenotypic and genotypic diversity of salmonella isolated in Cambodia from food or human biological specimens

UNIVERSITE VICTOR SEGALEN BORDEAUX 2
Année 2011 Thèse N°1809

THESE
Pour le
DOCTORAT DE L’UNIVERSITE BORDEAUX 2

Mention : SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE
ECOLE DOCTORALE DE GENETIQUE

Présentée et soutenue publiquement le 23/02/2011
Par
Sun Lay KRUY
Née le 20 juillet 1952 à Kompong Cham, Cambodge


DIVERSITE PHENOTYPIQUE ET GENOTYPIQUE DE SALMONELLES ISOLEES
AU CAMBODGE A PARTIR D’ECHANTILLONS BIOLOGIQUES
ALIMENTAIRES OU HUMAINS


Jury :

M. le Pr. Hervé Fleury Président
M. le Pr. Jean Louis Koeck Directeur de thèse
Mme le Pr. Maria Urdaci Raporteu
M le Pr. René Migliani Rapteur
M. le Dr Pascal Millet Membre
Mme le Dr. Hélène van Cuyck Membre
1
Remerciements:


Aux membres du JURY

M. le Pr. Hervé Fleury Président
M. le Pr. Jean Louis Koeck Directeur de thèse
Mme le Pr. Maria Urdaci Rapporteur
M le Pr. René Migliani Rapporteur
M. le Dr Pascal Millet Membre
Mme le Dr. Hélène van Cuyck Membre

Qui m'ont fait le grand honneur de bien vouloir accepter de siéger en ce jour mémorable pour
ma soutenance de thèse. Qu'il me soit permis de leur exprimer l'hommage de ma profonde
gratitude.

A Monsieur le Pr. Jean Louis Koeck, mon directeur de thèse, personnalité pleine de gentillesse
qui a pris ses temps pour me suivre dans la réalisation de cette thèse et m’a accepté dans son
laboratoire à l’HIA Robert Picqué, j’adresse ma sincère reconnaissance et mon profond respect.

A Madame le Docteur Hélène van Cuyck, personnalité pleine de gentillesse qui a pris de son
temps pour me suivre dans la réalisation de cette thèse, j’adresse ma sincère reconnaissance et
mon profond respect.

A Madame Alexandra Farbos Granger, personnalité pleine de compétense et de gentillesse qui
a pris de son temps pour me suivre dans la réalisation de cette thèse au laboratoire de l’HIA
Robert Picqué, j’adresse ma sincère reconnaissance.
A Monsieur Philippe Leroy, personnalité pleine de gentillesse qui a pris de son temps pour me
suivre dans la réalisation de cette thèse au laboratoire de l’HIA Robert Picqué, j’adresse ma
sincère reconnaissance.
A tout le personnel du Service de Biologie Clinique de l’IHA Robert Picqué qui a contribué de
près ou de loin à la réalisation de cette thèse, j’adresse mes sincères remerciements

A Monsieur le Professeur Vincent Deubel, Directeur de l’Institut Pasteur du Cambodge, ses
encouragements m’ont permis de poursuivre cette formation, je lui adresse ma reconnaissance,
ma gratitude et mon profond respect
A Monsieur le Docteur Jean Louis Sarthou, ancien Directeur de l’Institut Pasteur du
Cambodge, ses encouragements m’ont permis de poursuivre cette thèse, je lui adresse ma
reconnaissance, ma gratitude et mon profond respect

A Monsieur le Professeur Yves Buisson, ancien Directeur de l’Institut Pasteur du Cambodge,
personnalité dotée d’un inestimable sens du travail, modèle de patience en toutes occasions, je
lui adresse mon profond respect.

A Monsieur le Docteur François Flye Sainte Marie, ancien directeur de l’Institut Pasteur du
Cambodge dont le dynamisme sans égal au cours de sa carrière à Phnom Penh, m’a servi
d’exemple de travailleur infatigable, je lui adresse toute ma reconnaissance et ma gratitude.
2


A mon mari bien aimé SOM SAM AN, Qui m'a toujours aidé à surmonter les difficultés de ma
vie avec beaucoup de courage et de patience. Que cette thèse soit le témoignage de mon
affection.

A la mémoire de mon père bien aimé Monsieur KRUY ITH, qui m'a donné un modèle de
travailleur infatigable et d'honnêteté exemplaire ;
A la mémoire de mon adorable mère bien aimée Madame KHUM SOEURNG, image de
tendresse et d'amour d'une vie humble et honnête.
Qu'il me soit permis de leur rendre hommage et de leur exprimer mes adorations et mon éternel
amour

A la mémoire de mes frères bien aimés. Qu'il me soit permis de leur rendre hommage et de
leur exprimer mes regrets et mon éternel amour
KRUY CHHUN LENG
KRUY NGUON LY
KRUY LIM HENG
A mes chères sœurs bien aimées, toute ma tendresse
KRUY AUN
KRUY SY LOR
KRUY KIM HOURN
A mes chers amis ‘’ Association d’Entraite Kmère d’Aquitaine’’
Monsieur SOK JACQUES (YOEURN)
Madame KIT CHANNARA

Monsieur KIEN SAO HOAN
Madame THACH THI LY

Mes amitiés les plus sincères et mes profonds remerciements



3

LISTE DES ABREVIATIONS


MLVA Muliple-Locus Variable Number of Tandem Repeat Analysis
Analyse du polymorphisme de répétition en tandem
VNTR Variable Number of Tandem Repeat : Nombre variable de répétition en tandem
TR Tandem Repeat : Répétition en tandem
DNA DesoxyriboNucleic Acid : Acide désoxyribonucléique
rRNA Ribosomal Ribonucleic Acid : Acide ribonucléique ribosomal
MST Minimum Spanning Tree : Arbre minimum couvrant
DI Diversity Index: Index de diversité
SLV Single Locus Variants : Variants différents par un locus
DLV Double Locus Variants : Variants différents par deux loci
PCR Polymerase Chain Reaction : Amplification génique par réaction en chaîne
MLST Muliple-Locus Sequence Typing : Typage par séquençage de loci
SDS-PAGE Sodium Dodecyl Sulphate PolyAcrylamide Gel Electrophoresis : Electrophorèse
en gel de polyacrylamide en milieu dénaturant, dodécyl sulfate de sodium
REA Restrictive Enzyme Analysis : analyse par enzyme de restriction
RAPD Random Amplified Polymorphism DNA : Amplification aléatoire d'ADN
polymorphe
PCR-RFLP Polymerase Chain Reaction - Restrictive Fragment Length Polymorphism:
Amplification génique et polymorphisme de longueur des fragments de
restriction du produit amplifié
AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism : Polymorphisme de longueur des
fragments amplifiés
PFGE Pulse Field Gel Electrophoresis : Electrophorèse en champs pulsé




4










TABLE DES MATIERES




5

TABLE DES MATIERES
Page
LISTE DES ABREVIATIONS ........................................................................................ .4

INTRODUCTION ET OBJECTIFS...............................................................................13

ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE18
A- CARACTERES BACTERIOLOGIQUES DES SALMONELLES.............................. 19
1- Identification biochimique et Nomenclature ...................................................................19
2- Structure antigénique.......................................................................................................21
3- Les méthodes d’isolement ...............................................................................................26
B- METHODES DE TYPAGE MOLECULAIRE..............................................................27
C- METHODES DE GENOTYPAGE UTILISEES POUR LES SALMONELLES…… 35
D-MARQUEURS VNTRs POUR ETUDE PAR MLVA DES SALMONELLES.............37

MATERIELS ET METHODES .......................................................................................45
A-MATERIELS .................................................................................................................46
1-Souches de salmonelles...................................................................................................46
1-1. Salmonella enterica provenant d’échantillons biologiques humains (n=45) ...............46
1-2. Salmonella enterica provenant d’échantillons biologiques alimentaires crus (n=133)46
1-3. provenant d’échantillons biologiques alimentaires cuits (n=28).47
2-Choix des marqueurs pour l’étude................................................................................47
B- METHODES49
2-1. Sérotypage ....................................................................................................................49
2-2. Sensibilité aux antibiotiques...........................................................