Déterminants moléculaires de la tolérance au zinc des microorganismes eucaryotes, Molecular determinants of the zinc tolerance of eukaryotic microorganisms

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FACULTE DES SCIENCES ET TECHNOLOGIES



U.F.R Sciences et Techniques Biologiques
E.D. Ressources, Procédés, Produits et Environnement
D.F.D. Biologie Forestière


Thèse
présentée pour l’obtention du titre de

Docteur de l’Université Henri Poincaré, Nancy-Université
en Biologie Forestière

par Didier DOILLON

Déterminants moléculaires
dddeee lllaaa tototolllééérrraaannnccceee aaauuu zzziiinnnccc dddeeesss
microorganismes eucaryotes


Soutenue publiquement le 10 décembre 2010


Directeur de thèse : Pr Michel CHALOT
Co-directeur : Dr Damien BLAUDEZ




Membres du jury :

M. Roland MARMEISSE CNRS, Université de Lyon1 Rapporteur
Mme Silvia PEROTTO Université de Turin, Italie Rapporteur
M. Patrick BILLARD Nancy-Université Examinateur
M. Damien BLAUDEZ NNaannccyy-Université Examinateur
M. Michel CHALOT Nancy-Université Examinateur
Melle Elise DAVID Université de Reims Champagne-Ardenne Examinateur





U.M.R 1136 Interactions Arbres/Micro-oorrggaanniissmmeess - I.F.R 110 Génomique, Ecophysiologie et Ecologie FFoonnccttiioonnnneellllees
Faculté des Sciences et Technologies – 54506 Vandoeuvre-lès-Nancy
Remerciements :

Comme le veut la tradition, je vais tenter de satisfaire au difficile exercice de la page des
remerciements, peut-être les lignes de cette thèse les plus difficiles à écrire. Non qu'exprimer ma
gratitude envers les personnes en qui j'ai trouvé un soutien soit contre ma nature, bien au contraire.
La difficulté tient plutôt dans le fait de n'oublier personne. C'est pourquoi, je remercie par avance
ceux dont le nom n'apparaît pas dans cette page et qui m'ont aidé d'une manière ou d'une autre.
Ils se reconnaîtront.

De plus, chaque personne qui y est citée mérite la plus belle phrase, ce qui nécessite des réels
talents littéraires…que je n’ai pas forcément. Ainsi comme tout un chacun, je vais essayer de faire
au mieux et que tous les gens qui me liront sachent que ces quelques lignes ont été écrites avec
tout mon cœur.
Tout d’abord mes remerciements s’adressent aux personnes qui m’ont proposé le sujet de thèse et
qui m’ont encadré tout au long de ces années d’étude : MM. Michel CHALOT et Damien BLAUDEZ.
Je salue la souplesse et l’ouverture d’esprit de mes directeurs de thèse qui ont su me laisser une
large marge de liberté pour mener à bien ce travail de recherche. Vos conseils ont toujours été
avisés, j’ai apprécié travailler avec vous durant ces trois années. J’espère que cette thèse sera un
remerciement suffisant à la confiance dont ils ont fait preuve à mon égard.
Et plus particulièrement, je salue Damien, qui a su me donner toute la latitude nécessaire à
l’accomplissement de mes travaux, pour intervenir avec un œil avisé et critique, parfois un peu
trop…pour la phase de correction. Nul doute que ces corrections ont amélioré significativement la
qualité de ce mémoire. Merci.
Ensuite je tiens à exprimer mes remerciements envers M. Roland MARMEISSE et envers Mme Silvia
PEROTTO d’avoir accepté d’être les rapporteurs de ce manuscrit et d’évaluer mon travail de thèse.

Merci également à M. Patrick BILLARD, M. Damien BLAUDEZ, M. Michel CHALOT et Melle Elise DAVID
pour avoir accepté d’examiner mon mémoire et de faire partie de mon jury de thèse.

J’aimerai remercier l’équipe Symbiose Mycorhizienne de l’Université de Lyon 1 pour m’avoir
accueilli, ainsi que Frédéric (un hôtel que je recommande, ma chambre est haut perchée mais la
vue à la sortie est terrible !) et Elise, pour leur sympathie et le partage des informations. Un merci
tout particulier à Elise et Marie-Christine pour une très bonne initiation au meilleur « bouchon »…
Je tiens à remercier particulièrement Jan Colpaert pour son accueil et sa disponibilité lors de nos
déplacements en Belgique, ainsi que Simone Othonello, autre acteur du Projet EUMETATOX.

Pour l’ambiance chaleureuse et amicale du « 4 » qu’ils contribuent à maintenir au sein du
département, je tiens à remercier en particulier :
• Annick et Claire, pour leur accueil, leur patience et leur disponibilité
• Mon « collègue de bureau » Bernard Botton, pour sa gentillesse, son accessibilité et nos
longues discussions sur l’origine des champignons !
• Chantal pour sa gentillesse et son humanité
• Maman Eva et ses sublimes gâteaux aussi beaux à regarder qu’à manger !
• Laurence pour sa gentille, son aide précieuse et les discussions non moins précieuses autour
de notre passion commune des trolls …
• Aude : les micro-organismes c’est l’avenir ! …
• Loïc : toujours prêt à aider, un vrai Mac Gyver … (n’oublies pas Wegan Rules)
• Jérémy et Carine pour nos discussions et votre sympathie
• Frédéric : pour toute l’aide que tu m’as apporté lors des looooongues manips mais toujours
égayées d’humour
• Valérie Legué : pour tous ses conseils avisés et précieux en microscopie
Merci aux directeurs de l'unité UMR1136 : Francis Martin et Jean-Pierre Jacquot, puis Pascale Frey-
Klett et Eric Gelhaye, et à tous mes collègues de l’unité, il serait long de tous vous citer mais je vous
dis à tous un grand MERCI.
Je me dois bien sûr de remercier aussi, la région Lorraine pour avoir subventionné ce travail.
Au-delà des murs du laboratoire et du carcan dans lequel s’enferme tout thésard, il existe une vie
dans laquelle j’ai pu compter sur J.P., Raoul, Michaël, Guillaume, Fred. Leur amitié a été le meilleur
des réconforts et exutoire lorsque j’avais besoin de me changer les idées.
A ce titre j’en profite pour remercier chaudement le Docteur Martin Cooper, directeur de la
recherche et du développement chez Motorola, inventeur du téléphone cellulaire en avril 1973,
sans lui, et loin de mes amis et de ma famille, je n’aurai pas pu garder le contact aussi facilement !!
Cela va de soi, je remercie de tout mon cœur ma famille pour son soutien sans faille, sans eux rien
n’aurait été possible… Merci Valérie et Marie pour ce soutien sans faille durant ces trois années …
Je clos enfin ces remerciements en dédiant cette thèse à ma Maman, elle nous a quittés cet été,
trop tôt, et je sais qu’elle aurait été fière de me voir arriver au bout de ce long parcours.



« […] Pour moi, la science est une aspiration de l’esprit humain qui cherche l’unité sous le chaos de
la nature, comme un écrivain la cherche dans la variété de la nature humaine.[ …] Il est important
que les étudiants portent un regard neuf et irrévérencieux sur leurs études; il ne doivent pas vénérer
le savoir mais le remettre en question. »
Jacob Bronowski (1908-1974)
Science and Human Values" (1956)

Liste des abréviations :

AA Acides aminés
ADN Acide désoxyribonucléique
ADNc ADN complémentaire
ADNr ADN ribosomique
ARN Acide ribonucléique
ARNm ARN messager
ARNr ARN ribosomique
Cd Cadmium
CDF Cation Diffusion Facilitator
Co Cobalt
Cu Cuivre
DNase Désoxyribonucléase
dNTP 2’-déoxynucléoside 5’-tr