Contributions à l’apprentissage automatique pour l’analyse d’images cérébrales anatomiques, Contributions to statistical learning for structural neuroimaging data

`THESE DE DOCTORAT
´ ´SPECIALITE: PHYSIQUE
´Ecole Doctorale ”Sciences et Technologies de l’Information des
T´el´ecommunications et des Syst`emes”
pr´esent´ee par
R´emi Cuingnet
Contributions `a l’apprentissage automatique pour l’analyse
d’images c´er´ebrales anatomiques
Membres du jury:
Pr´esident : Emmanuel DURAND
Rapporteurs : Xavier PENNEC
Jean-Philippe VERT
Examinateurs : Jean-Franc¸ois MANGIN
Pierre CELSIS
´Alain TROUVE
Directeurs de th`ese : Habib BENALI
Olivier COLLIOT
tel-00602032, version 1 - 21 Jun 2011tel-00602032, version 1 - 21 Jun 2011Remerciements
Si je fais le bilan de la formation académique que j’ai eu la chance de recevoir, le doctorat et la
«prépa» ont été indéniablement les années les plus exaltantes. Ces années n’auraient pu se
faire sans un cadre humain solide. Je remercie chaleureusement toutes les personnes qui m’ont
soutenu durant ces années.
Je remercie tout d’abord les membres du jury présidé par Emmanuel Durand. Je remercie
tout particulièrement Xavier Pennec et Jean-Philippe Vert de m’avoir fait l’honneur d’être
rapporteurs de ce travail. Je leur exprime toute ma reconnaissance pour le temps qu’ils ont
consacré à la lecture approfondie de ce manuscrit ainsi que pour les retours si constructifs
qu’ils m’ont adressés. Je remercie aussi chaleureusement Pierre Celsis, Jean-Francois Mangin
et Alain Trouvé d’avoir accepté de faire partie de mon jury de thèse.
Je remercie chaleureusement mes deux directeurs de thèse Habib Benali et Olivier Colliot.
Merci à toi Olivier de m’avoir proposé cette thèse. Merci d’avoir su m’épauler tout en me
laissant cette exaltante liberté propre à la recherche. Merci d’avoir cru en mes idées et de
m’avoir consacré tant de temps. Merci pour tes conseils avisés, ton écoute et ton sens des
rapports humains. Il en va aussi pour Marie Chupin, pierre angulaire du laboratoire malgré
elle. Sa connaissance, sa gentillesse, sa rigueur, sa disponibilité et son empathie ont joué un
rôle clé dans ma thèse.
Je remercie également Sylvain Baillet et Line Garnero d’avoir accueilli au LENA le néo-
phyte que j’étais en traitement d’images médicales.
Au sein de l’équipe CogImage, je remercie particulièrement Mario Chavez et Jacques
Martinerie pour leur enthousiasme, leur gentillesse et leur disponibilité. Je remercie l’ensemble
des masters, doctorants et postdoctorants du laboratoire pour la bonne ambiance qu’ils créent.
Je pense plus particulièrement à mes aînés : Julien Lefèvre que je n’ai croisé que durant mon
stage et avec qui j’aurai eu grand plaisir à travailler, Anaël Dossevi, à Benoit Cottereau et
son souci de «classitude» dans les présentations, les deux niçois Guillaume Auzias avec son
empathie sans limite etYohan Attal avec sa droiture,son courage et son optimisme exemplaire,
iii
tel-00602032, version 1 - 21 Jun 2011R￿￿￿￿￿￿￿￿￿￿￿￿
Manik Battacharjee (Je suis persuadé que l’on aurait fait un très bon duo),Florence Gombert la
con￿dente,MichelBesserveàquijesouhaited’intégrerrapidementleCNRSetSheraz.Jepense
également aux étudiants qui sont arrivés en même temps ou après moi : l’ingénieur-chercheur
Thomas Samaille et son esprit si pragmatique, la danseuse Émilie Gerardin, ma co-déléguée
Lucile Gamond et ses talents culinaires, Thibault Dumas si souriant, Guillaume Dumas (l’esprit
bouillonnant) et Claire Boutet. Sans oublier les anciens stagiaires du LENA dont Gaëtan Yvert
qui a dû passer presque plus de temps à résoudre mes énigmes qu’à son stage et surtout Sarah
MontagneetJérômeTessierasmaintenantdevenusdetrèsbonsamis.JeremercieégalementAli
et Chabha pour leur gentillesse kabyle. Au sein du LIF, je remercie particulièrement Mélanie,
Guillaume, Vincent, Caroline, David, Arnaud et Alexandre. Plus généralement je remercie tous
les membres de CogImage et du LIF pour leur accueil, leur disponibilité et la bonne ambiance
qu’ils créent.
J’exprime toute ma reconnaissance au brillant mathématicien Joan Glaunès, qui m’a tant
aidé dans les tous derniers mois de la thèse.
Parmi les chercheurs rencontrés au cours de ces trois ans et demi, je remercie Gaël
1Varoquaux, Alexandre Gramfort, Timothée Cour et Bertrand Thirion pour les discussions si
enrichissantes que nous avons eues.
Jeremercieégalementlesneuroradiologues,neurologuesetmédecinsnucléairesdugroupe
hospitalier de la Pitié-Salpêtrière sans qui nos travaux seraient dépourvus de sens. Je pense
plus particulièrement à Didier Dormont, Charlotte Rosso, Yves Samson, Stéphane Lehéricy,
Lionel Thivard, Marie-Odile Habert, Marie Sarazin et Dominique Hasboun qui malgré leurs
contraintes professionnelles restent toujours disponibles pour nous.
Je remercie chaleureusement Dominique Martin de l’École Doctorale STITS qui s’est tant
dévouée pour aider les doctorants.
Je remercie mes amis très proches. Merci Elyès Jaillet non seulement d’avoir relu une
partie du manuscrit mais d’avoir toujours était présent dès que j’avais besoin d’aide. Il en
va aussi pour Thomas Guillet et Thierry. Thomas, merci aussi d’avoir répondu à toutes mes
questions, quelque fussent le sujet et le niveau de di￿culté et à n’importe quel moment de la
journée. Tu m’impressionnes vraiment.
Un immense merci à ma famille pour leur soutien et leur amour inconditionnels. Je pense
plus particulièrement à Papa, Maman, Thomas, Clémence, à mes Grands-Parents (Bon Papa,
Papy et Many) et à Lily qui partage désormais ma vie et à qui je dois cette thèse.
Merci à toi Bonne Maman pour ta￿nesse, ta délicatesse, ta gentillesse, ta droiture et ton
courage. Tu as été et resteras un modèle à suivre. J’aurais été si￿er de te présenter ma thèse.
1et aussi pour m’avoir encadré à l’UPenn
iv
tel-00602032, version 1 - 21 Jun 2011Tabledesmatières
Remerciements iii
Tabledesmatières v
Tabledesnotationsetsymboles ix
Introduction 1
1 Problématique 3
1.1 L’apport de l’anatomie computationnelle à l’étude des pathologies cérébrales 3
1.1.1 L’anatomie...................... 3
1.1.2 Objectifs de l’anatomie computationnelle pour l’étude des patholo-
gies cérébrales.............................. 4
1.1.3 Les méthodes 6
1.1.4 Situation du problème . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.2 Les méthodes d’apprentissage automatique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.2.1 L’apprentissage par machines à vecteurs supports . . . . . . . . . . 10
1.2.2 Les machines à vecteur supports . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
1.3 Classi￿cation d’images IRM anatomiques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
1.3.1 Choix des caractéristiques utilisées pour la classi￿cation . . . . . . 25
1.3.2 Réduction de dimension . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
1.3.3 Choix du classi￿eur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
1.3.4 Limites et améliorations possibles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
1.4 Objectifs de la thèse . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
2 Évaluationdestratégiesdeclassi￿cationsurunegrandebased’imagescérébrales 33
v
tel-00602032, version 1 - 21 Jun 2011T￿￿￿￿￿￿￿￿￿￿￿￿￿￿￿
2.1 Contexte : aide au diagnostic de la maladie d’Alzheimer . . . . . . . . . . . . 34
2.1.1 La maladie d’Alzheimer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
2.1.2 Le diagnostic de la maladie d’Alzheimer . . . . . . . . . . . . . . . . 40
2.1.3 L’apport de l’imagerie anatomique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
2.2 La base de données ADNI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
2.2.1 Participants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
2.2.2 Acquisitions IRM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
2.3 Les méthodes évaluées . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
2.3.1 Méthodes voxelliques . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
2.3.2 Méthodes utilisant l’épaisseur corticale . . . . . . . . . . . . . . . . 50
2.3.3 Méthodes l’hippocampe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
2.4 Classi￿cations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
2.4.1 Les expériences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
2.4.2 Les classi￿eurs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
2.4.3 Évaluation des performances de classi￿cation . . . . . . . . . . . . 55
2.5 Résultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
2.5.1 Performance des méthodes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
2.5.2 Compl&