Contribution à la cartographie génétique chez les Fagacées

N° d’ordre : 3957


THÈSE

PRÉSENTÉE A

L’UNIVERSITÉ BORDEAUX 1

ÉCOLE DOCTORALE DES SCIENCES ET ENVIRONNEMENT

Par Jérôme Durand

POUR OBTENIR LE GRADE DE

DOCTEUR
SPÉCIALITÉ : ECOLOGIE EVOLUTIVE, FONCTIONNELLE ET DES COMMUNAUTES

Contribution à la cartographie génétique chez les Fagacées

Directeurs de thèse : C. PLOMION
C. BODENES



Soutenue le 17 décembre devant la commission d’examen

Devant la commission d’examen formée de :
M. THIS, Patrice DR, INRA Montpellier Rapporteur
M. GAILING, Oliver Assistant-professeur, Houghton Rapporteur
Mme FAIVRE-RAMPANT, Patricia CR1, INRA Versailles Examinatrice
Mme DIRLEWANGER, Elisabeth. CR1, INRA Bordeaux Examinatrice
M. RENAUDIN, Jean-Pierre Professeur, Université de Bordeaux inateur
Mme BODENES, Catherine Ingénieur d’étude, INRA Bordeaux Co-directeur
M. PLOMION Christophe DR, INRA Bordeaux Directeur Remerciements
Remerciements
Avant de commencer le développement de la thèse, je souhaiterais remercier quelques
personnes fortement impliquées dans le projet. Tout d’abord je souhaiterais remercier
Christophe Plomion de m’avoir choisi pour ce sujet de thèse et de m’avoir consacré du temps
pour m’encadrer. Je me souviendrais toujours de cet entretien de motivation pour ma
candidature pour cette thèse. J’avais senti un bon feeling. Je ne m’étais pas trompé. En
acceptant cette thèse, j’ai vécu une expérience très enrichissante, en travaillant à tes côtés, j’ai
appris énormément sur la génétique et le travail de chercheur. J’ai également eu l’opportunité
de voyager un mois en Suède pour le développement de banques hypométhylées, une semaine
aux Pays-Bas, 10 jours inoubliables à San Diego au congrès « plant and animal genome », une
semaine à Cannes et à Baden en Autriche dans le cadre de congrès internationaux, une
semaine à Avignon et Orléans pour des journées jeunes chercheurs. Je me souviendrai
longtemps de ma réaction quand tu m’as proposé d’aller à San Diego, j’ai tout de suite
accepté ta proposition mais intérieurement j’étais terrorisé par l’idée de prendre l’avion
pendant 13 h, et surtout de faire un exposé devant des chercheurs mondialement connus. Mais
cette expérience, je ne l’oublierai jamais, à tel point que si c’était à refaire, je n’hésiterais pas
une seconde à y retourner. J’ai passé de très bons moments à travailler avec toi, tu es
quelqu’un d’ouvert, à l’écoute de toutes propositions de ma part, à condition qu’elles soient
bien fondées. J’ai aimé apprendre à rédiger un article à tes côtés, cette méthode a été très
formatrice.
J’aimerais remercier ma co-directrice de thèse Catherine Bodénès, pour m’avoir
également apporté une rigueur au laboratoire et de très bonnes idées pour la rédaction de ce
manuscrit. J’ai également apprécié de travailler avec toi, j’ai aimé ton encadrement, ta joie de
vivre et le soutien que tu m’as apporté à certains moments ou j’étais réellement perdu. Je te
remercie également de m’avoir appuyé pour la réunion EVOLTREE en Autriche ou j’ai eu
l’opportunité de revoir une seconde fois les chercheurs partenaires de mon travail.
Je tiens à remercier Emilie Chancerel pour son aide infaillible. Tu as réalisé de
nombreux travaux dans le cadre de ma thèse et je te remercie vraiment beaucoup. Tu es une
personne sur laquelle je pouvais réellement compter et travailler avec toi était un réel plaisir, à
tel point que si je pouvais t’emmener avec moi pour mon futur travail, je n’hésiterai pas une
seconde…. Emilie je me souviendrai de toi comme d’une personne ultra-compétente.
Je tiens à remercier également Tristan Costecalde, avec Emilie, nous formions un trio
cartographie génétique au laboratoire. Je me souviens de moments inoubliables passés avec
vous deux, de matinée en salle licor en PCR à faire des manips sous le signe de la joie et de la
bonne humeur. Vous ferez partie tous les deux de mes meilleurs rencontres faites, comme
collègues mais également en tant qu’amis. Tristan, j’ai vraiment eu du mal à accepter ton
départ, comme beaucoup de monde d’ailleurs. Tu assurais une cohésion dans le laboratoire.
De plus, avec un dialogue permanent entre nous trois, nous nous sommes entraidés pour la
compréhension des mécanismes de cartographie.
J’ai également une pensée pour Jean-Marc Frigerio, qui s’est occupé en équipe avec
Cyril Cabané et Saneyoshi Ueno de la partie bioinformatique de ma thèse. Je te souhaite de
nous revenir très vite. Tu es quelqu’un de très serviable et de très bien, ne disant jamais non à
aucune demande de notre part, et en plus doté d’une grande gentillesse.
J’aimerais remercier Antoine Kremer également pour son accueil au sein de son
équipe de recherche et pour ses corrections avisées.
Un autre chercheur à qui j’aimerais adresser mes remerciements est Jean Marc Gion.
Tu es très compétent en cartographie et je regrette de ne pas avoir passé plus de temps avec
toi pour apprendre davantage. Je dois avouer que tu m’impressionnais, et que je n’osais pas
trop venir te voir. Malgré ta charge de travail, tu as toujours été présent pour répondre à mes
interrogations et me donner des conseils.
Je remercie également Grégoire Le Provost, pour ces conseils et sont aide pour
l’annotation de séquences.
Je remercie également tous les chercheurs du projet Evoltree partenaires de mon
travail, Giovanni Vendramin, Oliver Gailing, Hans-peter Koelewijn, Fiorella Villani, et Pablo
Goicoetchea qui ont toujours répondu favorablement à mes demandes et ont contribué à la
réalisation de cette thèse.
Enfin je remercie mes collègues de bureau, Audrey, Dominique et Saneyoshi pour
avoir passé de très bons moments avec eux et pour avoir supporter mes nombreuses sautes
d’humeur et crises de nerfs devant mon ordinateur quand ça n’allait pas. Je voudrais remercier
toute l’équipe de génétique pour leur accueil et leur disponibilité.

Mes remerciements vont également à Mme Dirlewanger, M Ghesquiere, M Decrocq et
M Kremer pour avoir accepté de faire partie de mon comité de thèse et de m’avoir orienté
dans mes projets de recherche. Merci également aux membres de mon jury d’avoir accepté de
m’évaluer en vue de l’obtention future de mon diplôme.
Je souhaite remercier ma famille qui m’a soutenu après mon départ de ma région, et
qui ma conseillé lorsque j’étais dans de mauvaises passes, ainsi que la famille Bernadet qui a
confectionné de très bon gâteaux pour le coin café et qui m’ont tant apporté lors de ma vie
Bordelaise…
Une autre personne qui a joué un grand rôle dans la finalisation de mon mémoire est
M François Gaugiran. Cet homme, que je considère comme mon troisième grand père a su me
parler et me faire prendre confiance en moi. Il a réussi à faire de moi un bon, gardien de but,
et m’a également apporté de très bons conseils qui étaient valables pour ma thèse et le seront
pour ma vie professionnelle future…. C’est depuis le jour où j’ai fait ta connaissance que ma
situation au laboratoire s’est réellement amélioré et les résultats ont commencé à arriver. Je
me souviendrai toujours de la première séance, ou je me suis dis intérieurement qu’est ce que
c’est que ces entrainements… et pourtant j’ai adhéré et si j’ai pu écrire ce mémoire, c’est
grâce à toi, je te dois vraiment beaucoup.
Enfin j’aimerais finir par la personne la plus chère à mon cœur, Mlle Virginie
Portemer, pour tout l’amour qu’elle m’a donné, pour ses conseils et son soutien continuel. Je
la remercie aussi pour ces week-end touristiques, préparé consciencieusement et me
permettant de m’évader dans des régions dont je ne soupçonnais pas l’existence, ce qui me
permettait de prendre du recul sur ma thèse.
Enfin je remercie Mathieu Lefèvre, Julien Bruère et Guillaume Bokvad, Cédric et
Jérôme Stole qui ont été de vrais amis pendant mon aventure bordelaise, et qui m’ont toujours
soutenu. Un dernier merci à tous les gens d