Analyse intégrative de l'adaptation de l'énergétique cardiaque à l'hypoxie chronique, System's biology analysis of chronic hypoxia-induced heart energetics adaptation

Université Victor Segalen Bordeaux 2
Année 2010 Thèse N˚1711
THÈSE
pour le
Doctorat de l’Université Bordeaux 2
Mention : Sciences, Technologie, Santé
Option : Biologie Cellulaire et Physiopathologie
présentée et soutenue publiquement
le 09 Juin 2010
par
Guillaume Calmettes
Analyse Intégrative de l’Adaptation de l’Énergétique
Cardiaque à l’Hypoxie Chronique
Travail réalisé au sein de l’UMR5536 CNRS-Université Bordeaux 2
Membres du Jury :
Mr. le Docteur Francis Haraux CNRS - CEA Saclay (Président)
Mme. le Docteur Monique Bernard Université d’Aix-Marseille 2 (Rapporteur)
Mr. le Professeur Thierry Busso Université de Saint-Etienne
Mr. le Pr Graham Kemp Université de Liverpool (Examinateur)
Mr. le Professeur Bernard Muller INSERM - Université Bordeaux 2
Mr. le Pr Jean-Michel Franconi Université Bordeaux 2
Mme. le Docteur Véronique Deschodt-Arsac Université Bordeaux 2 (Examinateur)
Mr. le Docteur Philippe Diolez CNRS - Université Bordeaux 2 (Directeur)À ma famille.:-)
Remerciements
Une thèse est une expérience scientifique et humaine. Cette section est pour moi
l’occasion de remercier tous ceux qui m’ont soutenu dans mon travail.
Je voudrais remercier en premier lieu Jean-Michel pour m’avoir accueilli dans son
laboratoire et avoir montré son intérêt pour mon travail en mettant tout en œuvre
pour que je puisse travailler dans d’excellentes conditions.
Je tiens à remercier vivement l’ensemble des membres de mon jury pour avoir
accepté de juger mon travail :
– Le président de mon jury, Francis Haraux, dont les caricatures scientifico-
politiques auront apporté beaucoup d’humour sur les murs de la cuisine du
laboratoire tout au long de mes années de thèse. Merci aussi pour sa vision
du Contrôle Métabolique qui aura illustré de la plus belle façon qu’il soit ma
diapositive n˚6.
– Mes deux rapporteurs, Monique Bernard et Thierry Busso, pour tout le temps
qu’ils ont consacré à la lecture minutieuse de mon manuscript et à la rédaction
de leur rapport pertinent.
– Graham Kemp, pour n’avoir pas eu peur de traverser la manche et avoir apporté
une note anglophone des plus juste lors de ma soutenance.
– Bernard Muller pour m’avoir permis d’accéder au modèle des souris hypobares
qui aura rendu notre collaboration très fructueuse.
Merci aussi pour vos questions judicieuses qui auront permis d’aborder des questions
scientifiques particulièrement intéressantes lors de ma soutenance orale.
Un grand merci à mes deux encadrants, Phil & Véro qui m’ont supporté sans râler
(ou presque) pendant toutes ces années :
– Phil : En tant que directeur de thèse et PHILantrope des temps modernes, tu
auras sû me donner les armes nécessaires pour tirer mon épingle du jeu lors de
ma quête de l’énergétique cardiaque. Tu as su m’inculquer ta PHILosophie de la
science. Merci à toi d’avoir su endosser la lourde responsabilité de m’encadrer
avec brio, et d’être allé au delà de la seule r de "directeur" (ce
n’est pas tous les jours qu’on trouve un directeur de thèse prêt à repasser la
chemise de son étudiant avant une présentation orale ). Merci à toi d’avoir
su accepter (voire comprendre) mon attirance obscure pour la programmation
et l’écriture de lignes de codes. Je retiendrai aussi tous ces moments off science :
v:-)
notre rythmique en place (enfin, on l’espère) avec laquelle nous avons tenté
de (re)cadrer des sax égarés, ces repas durant laquelle la bonne humeur aura
toujours régné, ou encore cette opération "secourisme Fracture Col du Fémur" qui
nous aura appris à sauter le mur de la voisine. Merci pour tout Phil, et au plaisir
de te voir en Californie ! !
– Véro : Il paraît qu’un enregistrement prouve que je suis arrivé dans la recherche
parce que je suis tombé amoureux de ma prof de bioénergétique . . . Tu dois
donc être pour beaucoup dans ce que le petit STAPSien que j’étais est devenu.
Merci pour tous ces moments scientifiques partagés à tes côtés, toutes ces dis-
cussions autour d’un coeur, d’un spectre ou d’un aimant. Merci aussi pour
toutes ces sorties vélo (et tous les gâteaux qui les suivaient ! !), ces visites de
Palo Alto à la quête des origines de l’informatique, ou encore toutes ces dis-
cussions animées sur le fameux Claude François ("Quoi ? ! ? Tu as connu Claude
François ! ? !").
Merci à vous deux pour m’avoir donné assez de liberté pour gérer moi-même mon
travail, tout en sachant m’aiguiller lorsque j’en avais besoin. Ca aura été pour moi la
meilleure école qu’il soit pour découvrir, apprécier et m’exprimer dans la recherche !
Comment ne pas citer mes camarades de thèse avec lesquels nous avons rendu
aux Bisounours leurs plus belles lettres de noblesse. Par ordre d’apparition :
– Gilles a.k.a. Gillus (à prononcer avec l’accent Ricain), un fervent défenseur des
lapins, dont les histoires personnelles abracadabrantes (mais toutefois réelles)
auront su rendre notre quotidien imprévisible et très pimenté. Je te souhaite la
meilleure chasse au caribou qu’il soit et espère pouvoir un jour maîtriser l’art
de la séduction aussi bien que toi. . .
– William a.k.a.Will, dont les convictions personnelles auront animé une bonne
parti de nos déjeuners conviviaux. Tu resteras celui qui aura su garder la tête
sur les épaules, de toutes façons, "il ne doit en rester qu’un".
Merci à vous les amis pour pour avoir su partager votre bonne humeur (et vos
M&M’s). Merci pour ces compétitions passionnées de Chi Fou Mi (Will, arrête de faire
la pierre lol) dont les enjeux rocambolesques n’étaient au final qu’une excuse pour
s’amuser (et amuser nos spectateurs). Merci aussi d’avoir feint d’ignorer mon côté
"autiste" (dixit Gillus) qui vous aura des fois fait sentir bien seuls ("Hein ? T’étais en
train de me parler ?"). La Team Bisounours n’a pas encore dit son dernier mot, ne vous
inquiétez pas ! !
Merci à la communauté Mac du labo :
– Eric (Mac Pro Quad Core), merci pour ta disponibilité et ta générosité scienti-
fique. Toujours de bons conseils, tu a su, entre deux cours RMN, me faire part
de ta rigueur scientifique ou encore m’ouvrir les portes du monde fascinant
d’Igor. Merci aussi pour ton amitié et ton art de la côte de boeuf au barbecue (je
retiendrai que rien ne vaut une bonne lampe frontale ! !).
vi:-)
:-)
:-)
– Sylvain (Monsieur "1 MacBook Pro par an"), je suis arrivé au laboratoire quand
tu soutenais ta thèse. Maintenant c’est à mon tour . Entre temps, nous avons
affronté la pluie corse en moto, arpenté les cols du sud-est en vélo, partagé des
gaufres au chocolat sur l’île d’Oléron, et j’en passe . . . Tu as aussi eu la bonté
de m’héberger quand je me suis retrouvé enfermé dehors lol. En tous cas, merci
pour tout, pour ta bonne humeur et ton goût pour la bonne gastronomie ! !
– Zn’Elodie (iMac 20’), tu es certainement la plus grande fan de mon crumble
aux pommes (logique pour une fan d’Apple). Merci pour toutes ces discussions
très philo sur la physique quantique, pour toutes ces invitations improvisées et
pour tous ces récits de voyages qui donnent plus qu’envie d’aller découvrir le
monde (c’est sûr, un jour j’irai moi aussi voir Angkor de mes propres yeux ! !).
– Lolo (iMac 20’ x 2), un grand ami à moi t’as surnommé 98.2 FM, je trouve que
ça résume assez bien ton personnage ! Tu es l’exemple même qui montre que
l’on peut parfaitement allier science et humour, ne change rien !
– Linou (Mac Pro Duo Core), merci pour avoir supporté ces "drôles de gars" du
RMSB et avoir osé nous prêter ton humble demeure pour des soirées déjantées
où les chamallows grillés (merci Alex pour ta maîtrise des braises du barbecue)
et le Pepsi Max n’auront jamais manqué. Merci aussi pour ton écoute et tes
conseils pertinents. Ah, une dernière chose, n’oublie pas de passer en Shark
Mode
– Zn’Hub (MacBook Pro 17’), merci pour m’avoir montré que la baleine pouvait
aussi se faire au barbecue.
– Fred (PowerBook + MacBook Pro15’), merci pour m’avoir donné une image un
peu plus claire du métabolisme du trypano et de son unique mitochondrie. Ce
fût un honneur et un plaisir de te cotoyer au quotidien. A moi maintenant de
suivre tes traces dans le McDonald Building ! !
– MassoSax (MacBook Pro15’), merci d’avoir été un si bon président . Farceur
de première, tu n’en a pas oublié ton âme d’enfant.
Merci à toutes les cuisinières du laboratoire dont les gâteaux auront su éveiller
tous nos sens. Promis, un jour vous au