U´ MII
A M´
S T L
THÈSE
PrésentéeauLaboratoired’Informatique,deRobotiqueetdeMicroélectroniquedeMontpellier
pourobtenirlegradede
D ’U´MII
Discipline :BiologieInformatique
FormationDoctorale :BiologieSanté
EcoleDoctorale :InformationStructureSystème
R B ´ ´ ´
´ ´
par
SB
Soutenuele5novembre2007devantlejurycomposéde:
M.OG DirecteurdeRecherche,LIRMM Directeurdethèse
M.NL Chargéde co Directeurdethèse
M.H´ P DirecteurdeRecherche,UniversitédeMontréal Rapporteur
M.MGdeUniversitédeLyonI Rapporteur
M.NG DirecteurdeRecherche,UniversitédeMontpellierII Examinateur
M.PPdeUniversitéd’Aix MarseilleIR B ´ ´ ´ ´ ´
R´ ´
Deux nouveaux modèles pour la reconstruction phylogénétique probabiliste ont été développés, non station
nairesetnonparamétriques. Seloncesmodèles,unprocessusstochastiquecontinuintroduitdesvariationsdespro
babilités stationnaires des processus Markoviens de substitution, induisant de manière inédite une dimension
nalité libre. Le second modèle combine cette composante non stationnaire avec un modèle de mélange dé
finisurlespositionsdel’alignementdeséquenceshomologues.Cettecombinaisonmodéliseconjointementlesva
riations du processus d’évolution, au cours ...
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