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lundi 20 mars Pascal Hingamp / biologie.univ-mrs.fr BLAST Recherche de domaines protéiques prise en main de l'Annotathon (TD)
Voir
- séquences dans genbank
- prise en main de l'annotathon
- banque de donnée hsp
- fréquence d'occurence par la chance
- séquence
lundi 20 mars Pascal Hingamp / biologie.univ-mrs.fr
BLAST
Recherche de domaines protéiques
prise en main de l'Annotathon (TD)
BLAST
La “pipette de la bioinformatique”...
Objectif:
Rechercher parsimilarité de séquencedes homologuesà une séquence (requête) dans une banque de séquences (cibles)
Jargon
Exemples
Fonctionnement de BLAST
BLAST: jargon
BLAST=Basic Local Alignement Tool
Query= séquence requête
Subjects= séquences cibles de la banque de donnée
HSP= High Scoring Pairs
E-Value= Expect value (fréquence d'occurence par la chance)
Exemples
Here are some BLAST examples I prepared earlier...
Rapport BLAST:
-entête
-synopsis
-alignements
-paramètres
