M2 Ecologie Evolution Biometrie UE Description Statistique des Structures Biologiques
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Niveau: Supérieur, Master, Bac+5
M2 Ecologie,Evolution,Biometrie UE Description Statistique des Structures Biologiques Composante spatiale de la variabilite des formes d'humus en fonction du type de peuplement Hugues Santin-Janin Probleme pratique de statistique dssb08 Table des matieres 1 Introduction 2 2 Objectif 2 3 Definition et nomenclature des formes d'humus 3 4 Donnees 3 4.1 iden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 4.2 peup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 4.3 desc_iden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 4.4 hori_qual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 4.5 hori_quant . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 4.6 fact_bio . . . . . . . . . . .
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M2 Ecologie,Evolution,Biometrie UE Description Statistique des Structures Biologiques Composante spatiale de la variabilite des formes d'humus en fonction du type de peuplement Hugues Santin-Janin Probleme pratique de statistique dssb08 Table des matieres 1 Introduction 2 2 Objectif 2 3 Definition et nomenclature des formes d'humus 3 4 Donnees 3 4.1 iden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 4.2 peup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 4.3 desc_iden . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 4.4 hori_qual . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 4.5 hori_quant . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 4.6 fact_bio . . . . . . . . . . .
- peuplement pur
- pied par pied
- problematique statistique
- identifiants des releves
- beech-hornbeam forest
- horizon
- peuplement mixte
- pure beech
- ordonnees en metres des releves dans la placette
´ ´ M2Ecologie,Evolution,Biome´trie UE Description Statistique des Structures Biologiques
Composantespatialedelavariabilite´desformes d’humus en fonction du type de peuplement
Hugues Santin-Janin
Proble`mepratiquedestatistiquedssb08
Tabledesmatie`res 1 Introduction2 2 Objectif2 3De´finitionetnomenclaturedesformesd’humus3 4Donn´ees3 4.1iden. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .3 4.2peup4. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.3desc_iden. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .4 4.4hori_qual4. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.5hori_quant4. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4.6fact_bio. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .5 5 Questions5 R´ef´erences5
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Hugues Santin-Janin
1 Introduction Toutcequisuitestexplicit´edansunarticledeMicha¨elAubertet al. (2006)[2].Lesdonn´eessontcommunique´esparlegroupederechercheECODIV, UPRES-EA1293,Universite´deRouenquienautorisel’acc`es.Ontrouverades d´etailsdanslath`esedupremierauteur[1]. Lese´tudesportantsurladynamiquedelamati`ereorganiquedanslessols constituentdesaxesderecherchesprivil´egie´senSylviculture.Eneffet,unfort tauxdede´compositionetdemin´eralisationdelamatie`reorganiqueausein del’episolumhumife`reame´liorelacroissancedesarbresetlaproductivite´a` longtermedespeuplementsvialaremise`adispositiondes´ele´mentsnutritifs immobilise´sdanslesliti`eres. Lespropri´et´esdeshorizonsorganiquesdusol,sontconditionn´eesparleses-sencesquicomposentlepeuplement,etparleursre´partitionspatialeausein decelui-ci.Celaestli´eaufait,quelacompositionchimiquedesfeuillesdiffe`re conside´rablemententreesp`eces,etparconse´quent,modifielavitesseded´ecom-positionetlaqualit´edel’humus.Parexemple,onsaitquelaliti`ereduCharme (Carpinus betulusrt(eHueˆlldeuecet´equaliureqelliemedtse)Fagus Sylvatica) i.e.Carbonne/Azote(C/N),lignine/Nplusfaibles.Elleestplusfacilementde´-grade´eparlesorganismesdusol.LeCharmeestconside´re´commeuneespe`cedite `aitleri`ae´mleoiartnensseit,edeadnhsCurnapeem,upslementmixtedeH.ˆeitAr lespropri´et´eschimiquesdesfeuillesdeCharmessontsusceptibles(i)d’ame´liorer lad´ecompositionauseindel’episolumhumif`ereet(ii)d’introduire,enfonction delar´epartitionspatialeduCharme,unevariabilit´eauseindel’episolum. Face`aceconstat,l’enjeu`atermepourlessylviculteurs,estded´eterminerles conditions de plantation des peuplements mixtes (par bouquets, pied par pied...), quimaximisentlesb´ene´ficesentermedequalite´d’humus,li´es`alapr´esenceet a`lare´partitiondesesp`ecesa`ae´m`ireltierantelioe`erslelmeespdeaunplitintsa demauvaisequalit´e.
2 Objectif Lebutprincipalestded´eterminerl’influencedelacompositiondelacanope´e surlavariabilite´desformesd’humus`al’´echelledupeuplement.Plusparticu-lie`rement,ils’agitdecaract´eriserl’h´ete´roge´ne´ite´spatialedelavariabilite´des formes d’humus en fonction du type de peuplement. Pour ce faire, nous compa-ronslaqualite´del’humusentreunpeuplementpur(Hˆetre)etunpeuplement mixte(70%Heˆtre,30%Charme). Oncherche`atesterquatrehypoth`eses: 1.Lavariabilite´desformesd’humusestplusgrandesousunpeuplement mixte, que sous un peuplement pur. 2. L’humus est en moyenne plus actif sous un peuplement mixte, que sous un peuplement pur. 3.L’he´te´roge´ne´ite´desformesd’humusestplusgrandesousunpeuplement mixte, que sous un peuplement pur. 4.L’effetam´eliorantdelalitie`reduCharme,estlimit´e`aladistributionde salitie`re,etnediffusepasdansleszonesdomin´eesparleheˆtre.
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2.7.0(2008-04-22)–dssb08.rnw–Page2/5–Compile´le2008-05-07 S. Penel, URL :http://pbil.univ-lyon1.fr/R/pps/dssb08.pdf
Hugues Santin-Janin
3De´finitionetnomenclaturedesformesd’hu-mus Selonlenouveaure´fe´rentielpe´dologique[3],leshorizonsdesolscontenantde lamati`ereorganique(figure1)peuventeˆtredivis´esen(i)horizonsholorganiques (horizonsO)pratiquementsansmat´erielmin´eral,et,(ii)enhorizonsorgano-min´eral(horizonA)en-dessous.LeshorizonsOpeuventˆetredivis´esentrois types,selonledegre´detransformationdeleurliti`ere: OLenemnttiraspqutiarfenemgetcadtescfeuelielmoop´sde.Cetboistsde horizonpeuteˆtredivise´en(i)OLn,compose´d’unelitie`redemoinsd’un annond´ecompos´ee,et(ii)OLv,compose´d’uneliti`eredeplusd’unan, dontlacolorationachange´,etdontlacohe´sionachang´e,sousl’actionde champignons. OFmgnest´vtetifsarlangedeped’unm´emoc´sopere`itaMaelcdve,auxta´eeg OrganiqueFine(MOF),r´esultantdel’accumulationdeboulettesf´ecales. SelonlepourcentagedeMOF,cethorizonpeuteˆtredivise´enOFr(moins de 30% de MOF) et en OFm (30-70% de MOF). OHdeMOe70%lusdedepna`topdnrrse,Focndioatulumcc’aal-uobeomcs´po lettesfe´calesetdepetitsfragmentsdev´ege´taux.Cethorizonpeuteˆtre divis´eenOHr(70-90%deMOF)etOHf(90-100%deMOF).
4Donne´es Lesdonne´esformentunelistedanslefichierdssb08.rda. Pour s’en servir : load(url("http://pbil.univ-lyon1.fr/R/pps/dssb08.rda")) names(dssb08) [1] "iden""peup" "desc_iden""hori_qual" "hori_quant""fact_bio" sapply(dssb08, nrow) iden peupdesc_iden hori_qualhori_quant fact_bio 242 242 242 242 242 242 sapply(dssb08, ncol) iden peupdesc_iden hori_qualhori_quant fact_bio 3 1 514 11 11 121 descriptions macro-morphologiques et chimiques (pH, C/N de l’horizon A) ont´et´eeffectue´sdanschaquetypedepeuplementpendantl’hiver2000-2001. Cesdescriptionsont´et´er´ealise´es`al’aided’unegrilled’e´chantillonnagere´gulie`re de100mdecote´avecunemaillede10m.Ontrouveradoncles121pointsd’un site(11x11)puisles121points(11x11)del’autre).Lesvariablessontrange´es par blocs.
4.1iden Lesidentifiantsdesreleve´ssont: –codesrslevee´42chrde2cteu:vee`tcaracedsenıˆaletsanifintdesire –X:bAcs`etresdeissesenmnadspalslerse´vecelaett –Yenm`´eessdesetre´vseerelallpadsnteetacOr:nndo library(ade4) X <- dssb08$iden[, 2:3] s.label(X[1:121, ], lab = dssb08$iden$code[1:122], clab = 0.75)
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