FACULTÉ DE PHARMACIE DE GRENOBLE

UNIVERSITÉ JOSEPH FOURIER
FACULTÉ DE PHARMACIE DE GRENOBLE

Année : 2010 N°


Caractérisation épigénétique du lymphome du manteau


MÉMOIRE
DU DIPLÔME D’ÉTUDES SPÉCIALISÉES DE BIOLOGIE MÉDICALE
Conformément aux dispositions règlementaires du décret n°90-810 du 10 septembre 1990, tient lieu de thèse
THÈSE PRÉSENTÉE POUR L’OBTENTION DU DIPLÔME D’ÉTAT DE
DOCTEUR EN PHARMACIE

CHAUVELIER épouse GROUILLER Stéphanie
Née le 24 avril 1981 à LAVAL (Mayenne)

THÈSE SOUTENUE PUBLIQUEMENT A LA FACULTÉ DE PHARMACIE DE GRENOBLE
Le 4 juin 2010

DEVANT LE JURY COMPOSÉ DE
Pr Emmanuel DROUET Président de Jury
Dr Mary CALLANAN Directrice de Thèse
Dr Blandine FABRE-BOCQUENTIN
Dr Rémy GRESSIN
Pr Dominique LEROUX
dumas-00592398, version 1 - 12 May 2011dumas-00592398, version 1 - 12 May 2011dumas-00592398, version 1 - 12 May 2011dumas-00592398, version 1 - 12 May 2011dumas-00592398, version 1 - 12 May 2011Remerciements

Je souhaite remercier tout d’abord le Professeur Emmanuel Drouet pour avoir accepté la
présidence de mon jury de thèse.
Egalement un merci tout particulier à Mary Callanan pour m’avoir proposé ce sujet
passionnant et pour son soutien jour après jour.
Vraiment un grand merci au Pr Dominique Leroux, au Dr Rémy Gressin et au Dr Blandine
Fabre-Bocquentin d’avoir accepté de participer à mon jury de thèse et pour leur soutien au
cours de ce projet et de mon internat.
Occasion particulière pour moi de remercier Martine Chauvet pour son aide et son soutien si
précieux qui m’ont beaucoup apporté au cours de ce projet, ainsi que Christine Lefebvre
pour ses conseils, son aide, son soutien jour après jour qui m’ont été et me sont
indispensables.
Un grand merci à Juliana, Alexandra, Anne et Alicia pour leurs conseils, leurs formations
techniques et pour les bons moments passés ensemble.
Sincères remerciements à Sam, Sième, Aurélie, Céline, Laëtitia, Jean Jacques, Isabelle, Sarah
pour leur aide technique, leur patience et leur gentillesse.
Remerciements à Catherine B., Catherine C., Julien, Laure, Mélanie et Pauline pour ses
années de fac à Angers que je n’oublierai jamais…
Evidemment je n’oublie pas tous mes co-internes (Lauren, Géraldine, Yolande, Marion,
Antoine et tous les petits jeunes…) avec qui j’ai partagé tant de bons moments et que je
n’oublierais jamais. Merci à vous tous.
Merci à l’ensemble des biologistes, des techniciens, des aides de laboratoire, des secrétaires
des différents services où je suis passée pour leur accueil et pour m’avoir appris mon métier.
Encouragements et soutiens indispensables depuis toujours, je remercie mes grands-
parents, mes oncles et tantes, mes cousins et cousines pour tous les moments de bonheur
que l’on a partagé et que l’on continuera à partager.
Réconfortantes, relaxantes, merci Veela pour nos séances de ronronthérapie !
Clin d’œil particulier à ma gégé qui me soutient, m’encourage, éclaire mes coups de blues
depuis presque 15 ans. Merci pour tout.
Incontournablement, un merci particulier pour mes parents et mes deux petites sœurs
chéries qui m’ont toujours encouragé et soutenu au cours de ses longues années. Sans vous
je n’en serais pas là aujourd’hui, alors juste pour cela merci.
Enfin, Frédéric, mon petit mari que j’aime tant. Qu’aurais fais je sans toi? Merci pour ton
soutien et ton aide au cours de ces longs et nombreux nycthémères. Tu as eu le courage de
supporter mes sauts d’humeur, mes énervements répétés sur mon ordinateur, de jouer tout
seul à Mario Kart (du coup j’ai pas mal de retard à rattraper !). Merci de partager ta vie avec
moi. Je suis heureuse et fière d’être ta femme.


dumas-00592398, version 1 - 12 May 2011SOMMAIRE

Index des abréviations
Introduction ....................................................................................................... 1
1. L’épigénome .................................................................................................................... 2
a. Définition ..................................................................................................................... 2
b. L’organisation de la chromatine, support de l’information épigénétique .................. 2
c. Epigénome et modifications chimiques ...................................................................... 7
d. L’hétérochromatine et le contrôle de l’expression génique ..................................... 16
e. Épigénétique et cancer .............................................................................................. 19
2. Physiologie de la maturation des lymphocytes B ......................................................... 22
a. La lymphopoïèse B médullaire : phase indépendante des antigènes étrangers ...... 23
b. Les cellules B transitionnelles .................................................................................... 30
c. Maturation antigène dépendante des lymphocytes B dans les follicules
lymphoïdes ........................................................................................................................ 32
d. La différenciation plasmocytaire ............................................................................... 40
e. Épigénome et lymphomagenèse ............................................................................... 41
3. Le lymphome à cellules du manteau (MCL) .................................................................. 45
a. Eléments du diagnostic du lymphome du manteau .................................................. 45
b. Physiopathologie des lymphomes du manteau ........................................................ 55
c. Épigénome et lymphome du manteau ...................................................................... 64
But et objectifs du projet ................................................................................. 66
Matériels et méthodes ..................................................................................... 67
1. Cellules et échantillons de patients .............................................................................. 67
a. Lignées cellulaires et conditions de culture .............................................................. 67
b. Lymphocytes B normaux ........................................................................................... 68
c. Sélection d’échantillons de patients présentant un MCL ......................................... 68
2. Profils épigénétiques des lymphomes du manteau ...................................................... 70
a. Immunohistochimie (IHC) sur tissus en paraffine ..................................................... 71
b. État de méthylation et d’acétylation des histones H3 et H4 en Western-blot ......... 71
c. Technique d’immunofluorescence sur cellules fixées ............................................... 73


dumas-00592398, version 1 - 12 May 2011d. Immunoprécipitation de chromatine native (ChIP) sur lignées cellulaires ............... 73
3. Étude des mécanismes épigénétiques dérégulés dans le MCL ..................................... 75
a. Extraction, purification et qualification des acides nucléiques ................................. 75
b. Analyses en PCR quantitative (Q-PCR) ...................................................................... 76
c. Analyses du point de cassure de la t(11;14) et du statut mutationnel en PCR ......... 77
Résultats .......................................................................................................... 79
1. Quantification et organisation de marques épigénétiques dans des lignées de
lymphomes ............................................................................................................................ 79
2. Profil épigénétique de cellules primaires de lymphome du manteau .......................... 81
a. Profil physiologique des marques d’hétérochromatine au cours de la maturation B
antigène dépendante ........................................................................................................ 81
b. Modifications post-traductionnelles des histones H4 dans les lymphomes du
manteau ............................................................................................................................. 85
c. Méthylation des lysines de l’histone H3 dans les lymphomes du manteau ............. 86
d. Patrons des isoformes d’HP1 dans les lymphomes du manteau .............................. 87
e. Un ou des profils épigénétiques dans le lymphome du manteau ? ..........................