2ème cycle DCEM MIA Item Diagnostic des infections broncho pulmonaires
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Niveau: Supérieur
2ème cycle – DCEM – MIA – Item 86 Diagnostic des infections broncho-pulmonaires Année Universitaire 2010-2011 Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes Dr. CARRIERE (Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM) Diagnostic biologique des infections broncho- pulmonaires Module intégré A Dr Christian Carrière Laboratoire de bactériologie Hôpital Arnaud de Villeneuve Plan du cours A – Circonstances de prescription B – Prélèvements respiratoires C – ECBC Examen direct, culture D – Principales bactéries rencontrées E – Diagnostic par PCR F – Diagnostic de la tuberculose G – Diagnostic de la légionellose A – Circonstances de prescription de l' ECBC ? Pneumopathies communautaires ? Surinfections bronchiques (BPCO) ? Pneumopathies nosocomiales sous ventilation artificielle ? Pneumopathies atypiques ? Pneumopathies chez l'immunodéprimé ? Mucoviscidose B - Les prélèvements ? Prélèvements respiratoires ? Expectoration spontanée (+++) => ECBC ? Doit refléter la flore des voies aériennes inf. ? Aspiration pharyngée (voie buccale ou nasale) ? Risque contamination ? LBA : lavage broncho-alvéolaire Réfé i i if? rence, ma s nvas ? Autres prélèvements ? Tubage gastrique : tuberculose ? Hémocultures : bactériémie
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2ème cycle – DCEM – MIA – Item 86 Diagnostic des infections broncho-pulmonaires Année Universitaire 2010-2011 Faculté de Médecine Montpellier-Nîmes Dr. CARRIERE (Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM) Diagnostic biologique des infections broncho- pulmonaires Module intégré A Dr Christian Carrière Laboratoire de bactériologie Hôpital Arnaud de Villeneuve Plan du cours A – Circonstances de prescription B – Prélèvements respiratoires C – ECBC Examen direct, culture D – Principales bactéries rencontrées E – Diagnostic par PCR F – Diagnostic de la tuberculose G – Diagnostic de la légionellose A – Circonstances de prescription de l' ECBC ? Pneumopathies communautaires ? Surinfections bronchiques (BPCO) ? Pneumopathies nosocomiales sous ventilation artificielle ? Pneumopathies atypiques ? Pneumopathies chez l'immunodéprimé ? Mucoviscidose B - Les prélèvements ? Prélèvements respiratoires ? Expectoration spontanée (+++) => ECBC ? Doit refléter la flore des voies aériennes inf. ? Aspiration pharyngée (voie buccale ou nasale) ? Risque contamination ? LBA : lavage broncho-alvéolaire Réfé i i if? rence, ma s nvas ? Autres prélèvements ? Tubage gastrique : tuberculose ? Hémocultures : bactériémie
- diagnostic des infections broncho
- gram négatif
- risque contamination
- exemples de colorations de gram
- flore des voies aériennes
- salivaire
- salivaire distal
- pneumoniae ?
- examen microscopique
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cycle – DCEM –
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Item 86
Diagnostic des infections broncho-pulmonaires
Année Universitaire 2010-2011
aculté de Médecine Montpellier-Nîmes
Dr. CARRIERE
(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)
Diagnostic biologique des
infections broncho-
pulmonaires
Module intégré A
Dr Christian Carrière
Laboratoire de bactériologie
Hôpital Arnaud de Villeneuve
Plan du cours
A – Circonstances de prescription
B – Prélèvements respiratoires
C – ECBC
Examen direct, culture
D – Principales bactéries rencontrées
E – Diagnostic par PCR
F – Diagnostic de la tuberculose
G – Diagnostic de la légionellose
A – Circonstances de prescription
de l’ ECBC
Pneumopathies communautaires
Surinfections bronchiques (BPCO)
Pneumopathies nosocomiales sous
ventilation artificielle
Pneumopathies atypiques
Pneumopathies chez
l’immunodéprimé
Mucoviscidose
B - Les prélèvements
Prélèvements respiratoires
Expectoration spontanée
(+++) =>
ECBC
Doit refléter la flore des voies aériennes inf.
Aspiration pharyngée
(voie buccale ou nasale)
Risque contamination
LBA : lavage broncho-alvéolaire
Référence, mais invasif
Autres prélèvements
Tubage gastrique : tuberculose
Hémocultures : bactériémie
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Item 86
Diagnostic des infections broncho-pulmonaires
Année Universitaire 2010-2011
aculté de Médecine Montpellier-Nîmes
Dr. CARRIERE
(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)
C – ECBC : apport diagnostique
1 - Examen macroscopique
Salivaire, muqueux, muco-purulent,
purulent, hématique
2 - Examen microscopique
ou direct (1)
2a : Les cellules :
Apprécier le degré de contamination salivaire
Valeur
diagnostique
du
Cellules
épithéliales
pharyngées/
Leucocytes /
champ
prélèvement
champ
salivaire
> 25
< 10
distal
< 10
> 25
Valeur de la présence de PN altérés +++
Exemples d’ED
coloration MGG
Salivaire
Distal
Examen microscopique
ou direct (2)
2b : Les bactéries
La coloration de Gram (15 minutes)
Idée de la quantité de bactéries
Très rares, rares, quelques, nombreuses, très
nombreuses
Valeur d’orientation sur le type de bactéries en cause
Gram positif ou négatif
Cocci ou bacilles
Diagnostic de présomption
Oriente l’antibiothérapie de première intention ++++
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Item 86
Diagnostic des infections broncho-pulmonaires
Année Universitaire 2010-2011
aculté de Médecine Montpellier-Nîmes
Dr. CARRIERE
(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)
Coloration de Gram = diagnostic de
présomption
Staphylocoques
C+ en grappes
Streptocoques
C+ en chaînettes
Pneumocoques
Diplocoques gram +
Entérobactéries (
K
l e
b
s
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l l a
p
n
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u
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)
Bacilles à Gram négatif
H
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Petits bacilles à Gram négatif
B
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l l a
c
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t h
a
r r a
l i s
Cocci Gram négatif
Exemples de colorations de Gram
C + Staphylocoques
C + Streptocoques
Exemples de colorations de Gram
Diplocoques Gram + : Pneumocoques
Exemples de colorations de Gram
Cocci Gram - : Branhamella
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Item 86
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Année Universitaire 2010-2011
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Dr. CARRIERE
(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)
Exemples de colorations de Gram
Bacilles G - : Klebsiella
Bacilles G - : Haemophilus
3 - Culture de l’expectoration
Buts :
Identifier la bactérie en cause
Distinguer colonisation
/ infection
Notion de seuil de pathogénicité
Réaliser un antibiogramme
Culture et dénombrement
de l’expectoration
Dénombrement des bactéries en UFC/ml
Seuil est de
10
7
UFC/ml
Identification
Antibiogramme
Sur 1 ou 2 espèces en quantité > ou = 10
7
UFC / ml
En fonction du caractère pathogène de la bactérie isolée
Interprétation : « savoir être critique »
Flore bactérienne fragmentée dans les différents territoires
pulmonaires
Caractère pathogène de la bactérie
La culture est plus semi-quantitative que quantitative
Employer les termes de colonisation et infection
Dénombrement : cas des prélèvements
respiratoires distaux
Aspiration trachéale (non validé)
Seuil de
10
6
UFC/ml
LBA
Seuil de 10
4
UFC/ml (REMIC)
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Item 86
Diagnostic des infections broncho-pulmonaires
Année Universitaire 2010-2011
aculté de Médecine Montpellier-Nîmes
Dr. CARRIERE
(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)
D - Principales bactéries rencontrées
en pathologie communautaire
INFECTIONS BRONCHO-PULMONAIRES
1 -
Pneumocoque
2 -
H
a e m
o p h i l u s i n f l u e n z a e
3 - Germes atypiques « intra-cellulaires »
C
h
l a
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M
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c
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4 – Les autres
K
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B
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H
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n
z
a
e
Staphylocoques
Savoir reconnaître la flore
commensale de l’oro-pharynx
Streptocoques alpha hémolytiques
Streptocoques non hémolytiques
Staphylocoques coagulase négative
N
e
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s
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r i a
commensale
S
t o
m
a
t o
c
o
c
c
u
s
Bactéries rencontrées dans les
infections nosocomiales : BMR
Staphylocoques
Méticilline résistants
S . a u r e u s
(coagulase positive)
S. coagulase négative
E n t e r o b a c t é r i e s
productrices de Béta lactamases
E
s
c
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K
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P
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o
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s
P
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(pyocyanique)
A
c i n e t o b a c t e r
Conduite à tenir : chronologie
1.
Examen clinique
2.
Réalisation du prélèvement
3.
Décision d’antibiothérapie de première
intention (clinique, résultats de l’ED)
Large spectre
4.
Résultats bactériologiques 48 h
Adapter l’antibiothérapie
Penser écologie microbienne
Spectre adapté au germe isolé
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Item 86
Diagnostic des infections broncho-pulmonaires
Année Universitaire 2010-2011
aculté de Médecine Montpellier-Nîmes
Dr. CARRIERE
(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)
E – La détection de l’ADN bactérien par
amplification génique (PCR)
Avantages
•
Délicate à utiliser
•
Nécessité :
-
d
’
é ui ement
•
Bactéries non cultivables
•
Pathogènes stricts
•
Diagnostic possible :
Inconvénients
q
p
-
d
e
l
o
c
a
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x
- de personnel
•
Peu accessible en ville
- Patients vaccinés
- Antibiothérapie
préalable
- Stades tardifs
PCR pour quelles bactéries ?
B
o
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(Coqueluche)
M
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(pneumopathies atypiques)
M
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l o
s
i s
:
tuberculose
F - Le diagnostic bactériologique de
la tuberculose
Repose sur la mise en évidence de
l’agent causal :
M
y
c
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b
a
c
t e
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m
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b
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l o
s
i s
(BK)
ou agent du complexe tuberculosis
Examen direct
Culture
Amplification génique « PCR »
Le complexe M. tuberculosis
Le complexe M. tuberculosis
Agents de la tuberculose
Bétail
Daims
Humains
Lions
Furets
Souris
Humains
(rare)
Humains
M. tuberculosis
M. africanum
M. microti
M. bovis
vaccin
Lamas
Phoques
M. bovis
BCG
vaccin
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Année Universitaire 2010-2011
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Dr. CARRIERE
(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)
Transmission
La forme pulmonaire assure la transmission
inter-humaine
La transmission alimentaire
Tuberculose à
M
. b o v i s
Rare : cheptel contrôlé, lait pasteurisé
Les prélèvements respiratoires pour
le diagnostic de la tuberculose
Expectorations spontanées
Profondes
Répétées 3 jours de suite
Tubages gastriques
Répétés 3 jours de suite
Selon le contexte
Prélèvements distaux (LBA)
L’examen direct des prélèvements
Recherche de B.A.A.R.
Incontournable
Coloration de
Ziehl-Neelsen
Aspect semi-quantitatif
Négatif
Présence de BAAR
+ ; ++ ; +++ et ++++
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Année Universitaire 2010-2011
aculté de Médecine Montpellier-Nîmes
Dr. CARRIERE
(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)
L’examen direct des prélèvements
Spécificité très élevée
Intérêt fondamental
Diagnostic
Surveillance : patient « bacillifère »
’
Levée des mesures
d
i
s
o
l
e
m
e
n
t
3 prélèvements consécutifs négatifs
La culture : affirme le diagnostic
Milieux solides
Löwenstein-Jensen
Colonies en 3 à 4 semaines
À conserver 8 semaines
La culture (2)
Milieux liquides
7H9 + système de détection
Fluorescence : MGIT
®
Colorimétrie : BacT/Alert 3D
®
-
Détection plus rapide 10 15j
Automatisation de détection
Identification moléculaire
= progrès de ces dernières années
Complexe tuberculosis
Les espèces dans le complexe :
M
. t u
b
e r c u
l o
s i s
M
. b
o
v i s
M
. b
o
v i s B
C
G
M
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Diagnostic des infections broncho-pulmonaires
Année Universitaire 2010-2011
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Dr. CARRIERE
(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)
Antibiogramme : ensemencement
des flacons
Flacon Positif
ou milieu solide +
Dilution 1:100
0.5 ml
0.5 ml
0.5 ml
0.5 ml
0.5 ml
0.5 ml
Contrôle
Proportionnel
Contrôle
Direct
RIF
INH
SM
EMB
Conduite à tenir : chronologie
1.
Examen clinique
2.
Réalisation du prélèvement
3.
Résultat de l’examen direct (24h)
4.
Décision d’antibiothérapie (clinique et ED)
4 anti-tuberculeux
Mesures d’hygiène et isolement, déclaration
5.
Résultats culture
1.
Culture + : 15j (liquide) 1 mois (solide)
1.
Affirme le diagnostic
2.
Antibiogramme 15j (liquide) 1 mois (solide)
3.
Adapter l’antibiothérapie
2.
Culture - : 2 mois et demi
1.
N’élimine pas le diagnostic
G - Diagnostic biologique de la
Légionellose
L e g
i o
n
e l l a
= bacille à Gram
Environ 46 espèces (environnement)
1 seule espèce en pathologie
L
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n
e
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p
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i l a
(95% des légionelloses)
L
. p
n
e
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m
o
p
h
i l a
sérogroupe 1 : 80 % des cas
3 formes cliniques :
Maladie des légionnaires
(pneumonie)
Fièvre de Pontiac ($ pseudo-grippal)
Formes extra-pulmonaires
3 techniques essentielles
’
1.
Recherche d antigènes urinaires
Dépistage rapide et précoce
L . p
n
e u
m
o
p
h
i l a
sérogroupe 1
Excrétion précoce (2 – 3
ème
jour)
et longue (2 mois à 1 an)
g
(
)
Non influencé par l’antibiothérapie
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Item 86
Diagnostic des infections broncho-pulmonaires
Année Universitaire 2010-2011
aculté de Médecine Montpellier-Nîmes
Dr. CARRIERE
(Mise ligne 31/08/10 – LIPCOM-RM)
A partir des prélèvements respiratoires
2.
Mise en culture du prélèvement
respiratoire : LBA +++
Lent : moyenne de 10 j
Identification par immunofluorescence
Affirme le diagnostic
3.
Examen direct par IFD
4.
Autres : sérologie et amplification
génique
Antibiothérapie des Légionelloses
Antibiogramme non recommandé
Germe intracellulaire
Activité
i n
v
i t r o
# activité
i n
v
i v
o
Antibiotiques efficaces :
Macrolides : clarithromycine, azithromycine
Fluoroquinolones : lévofloxacine
Rifampicine
