Reconstruction Phylogenetique par Analyse Bayesienne des Sequences

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Reconstruction Phylogenetique par Analyse Bayesienne des Sequences Samuel Blanquart Projet Methodes et Algorithmes pour la Bioinformatique LIRMM CNRS January 13, 2005

distribution de probabilites

echantillonner des distributions de probabilites inconnues

relations phylogenetiques entre les especes representees par les sequences

chaine de markov

reconstruction phylogenetique par analyse bayesienne des sequences

probabilite des donnees

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Blanckaert Loi de probabilité Chaîne de Markov

ReconstructionPhylogenetiqueparAnalyse BayesiennedesSequences

Samuel Blanquart

Projet Methodes et Algorithmes pour la Bioinformatique LIRMM CNRS

January 13, 2005

Resume

La technique des “Chaines de Markov Monte Carlo” (MCMC) permetd’echantillonnerdesdistributionsdeprobabilites inconnues a priori. Le programme PhyloBayes (Nicolas Lartillot,2004)implementeuneMCMCechantillonnantla distribution de probabilite a posteriori induite sur les parametresd’unmodeled’evolutionparlesdonnees (alignementsdesequences).Cettemethodepermetd’estimer lesrelationsphylogenetiquesentrelesespecesrepresenteespar lessequences.Lorsduseminaire,onpresentera:

I,CMCMrapegannollircneLpsantiechdel’ipes IL’algorithme de Metropolis-Hastings, Icnoiaruove’tulosli,esenmmtituodelesdLesm Ie,delnnu’dseyomuaevuotouajL’balohyaP ILes premiers resultats obtenus pour ce modele.

LetheoremedeBayes

Ou :

P(|D) =P(D|P)(D)P()

IDees,eddsnonneesbmelel’st Itrla’menesterembledesepsael,dsmudoe IP(|De“mstPoes)omtnoire,”r IP(D|sembVraime“tnomlpniS“ma”euoalcn,g”se) IP(momtnes),”roirP“e IP(Dltpaorabibiltdeesdonnees.se)

(1)

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