Conservation of Combinatorial Structures in Evolution Scenarios

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57

pages

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2005

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Sèverine Bérard

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pefav

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01 avril 2005

Nombre de lectures

17

Langue

English

Poids de l'ouvrage

1 Mo

Conservation of Combinatorial Structures in Evolution Scenarios Sèverine Bérard (INRA, Toulouse), Anne Bergeron et Cedric Chauve (UQAM, Montréal) Ecole Jeunes Chercheurs en Algorithmique et Calcul Formel Session Bio-Informatique - 7 avril 2005 Belle marquise, vos beaux yeux me font mourir d'amour. Vos yeux beaux d'amour me font, belle marquise, mourir. Me font vos beaux yeux mourir, belle marquise, d'amour.

belle marquise

beaux yeux

session bio-informatique

genome proposed

ecole jeunes

evolution scenario

conserved combinatorial

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1 Mo

Berard Chauvé Bourque Bergeron

eunes ChEcole J ne oglAhcresrueete al CthriqumissoileeSoFmruc latiqformo-Inn Bi002 lirva 7 - eu5

Belle marquise,vos beaux yeux me font mourir d'amour.

Vos yeux beaux d'amourme font,belle marquise, mourir.

Conservation of Combinatorial Structures in Evolution Scenarios

Sèverine Bérard (INRA, Toulouse), Anne Bergeron et Cedric Chauve (UQAM, Montréal)

Me fontvos beaux yeuxmourir,belle marquise, d'amour.

Wahti s an “Ev

1. An evolution tree.

oluiton Sc

2. Genomes of existing species labeling the leaves of the tree, here blocks from the Mouse, Rat and Human chromosomes X.

3. Sequences of genomes on each branch of the tree.

4. Each successive genome differs from the next one by one inversion.

(Art work by Guillaume Bourque, scientific work by Guillaume Bourque, Pavel Pevzner and Glenn Tesler, 2004)

eanrio?

Waht isa n “Evoluitno

Human

For each pair of species, the tree induces a rearrangement scenario between the two chromosomes X of the two species.

Rat

Sceanrio ?

otiribanrtculaS ?turetahW si “Ca seonedrvom C

1. Adjacencies

Letaandbbe two consecutive genes (or blocks) in one genome.

The adjacency a.bis conservedif either a.bor-b.-ais present in the other genome.

(Blanchette, Kunisawa, Sankoff, 1999)

-b. a -

a.b

Rat

Human

a.b

a.b

Structuratorial e? “ aist haWnibmoC devresnoC

1. Adjacencies

Note that each of these adjacency isconserved in each of the intermediate genome proposed by the scenario.

Rat

(Blanchette, Kunisawa, Sankoff, 1999)

Human

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