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Laurent Noé
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roren
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Bioinformatique et données biologiques
Cours d’introduction à la bioinformatique et de
présentation des banques de séquences.
ère1 partie
Laurent Noé (2009-2012)
Maude Pupin (2007-2009) QUELQUES MOTS SUR LA BIOINFO
Connaissances
2 Définition de la bioinformatique
Un domaine de recherche qui analyse et interprète
des données biologiques, au moyen de méthodes
informatiques, afin de créer de nouvelles
connaissances en biologie.
Source : article présentant la bioinformatique, sur le site d’Interstices
Auteur(s) :
Isabelle Quinkal (Journaliste)
François Rechenmann (Chercheur)
3 Définition de la bioinformatique
anglais : distinction entre
« Bioinformatics » et « Computational Biology »
« Bioinformatics »
applique des algorithmes, modèles statistiques dans l’objectif
d'interpréter, classer et comprendre des données biologiques.
« Computational Biology »
développer des modèles mathématiques et outils associés
pour résoudre des problèmes biologiques.
4 Qu’est-ce que la bioinformatique ?
L’approche in silico de
la biologie
Trois activités
principales :
Acquisition et organisation
des données biologiques
Conception de logiciels
pour l’analyse, la
comparaison et la
modélisation des données
Analyse des résultats
produits par les logiciels
5 Quelques conseils
Méfiez-vous des résultats donnés par les logiciels :
La qualité des résultats est parfois diminuée au profit de la rapidité
Certains problèmes admettent un ensemble infini de possibilités
Ce n’est pas toujours la solution la meilleure qui est trouvée
Beaucoup de logiciels ne font que de la prédiction
Prédiction : dire ce qu’on prévoit, par raisonnement, devoir
arriver. (wiktionnaire)
Méfiez-vous des banques de données :
Les données se sont pas toujours fiables
La mise à jour n’est pas toujours récente
La réalité mathématique n’est pas la réalité biologique :
Les ordinateurs ne font pas de biologie, ils calculent … vite !
6 Quelques liens utiles en bioinformatique
La Société Française de Bio-Informatique (SFBI)
http://sfbi.impg.prd.fr/
Logiciels pour la biologie de l’Institut Pasteur
http://bioweb.pasteur.fr/
Le Pôle Bioinformatique Lyonnais (PBIL)
http://pbil.univ-lyon1.fr/pbil.html
http://npsa-pbil.ibcp.fr/
L’Institut Européen de Bioinformatique (EBI)
http://www.ebi.ac.uk/
Les outils de protéomique d’ExPASy
http://www.expasy.org/tools/
Le centre national de bioinformatique (NCBI, USA)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
7 En Europe : EBI
European Bioinformatics Institut
http://www.ebi.ac.uk/
Organisation académique à but non lucratif fondée en 92
Centre de recherche et services en bioinformatique qui
gère des banques de données biologiques (ADN-ARN,
protéines, structures 3D)
Met dans le domaine publique et rend accessible
gratuitement les informations issues de la recherche en
biologie moléculaire et génomique afin de promouvoir le
progrès scientifique
8 Aux états-Unis d’Amérique : NCBI
National Center for Biotechnology Information
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
Ressource nationale pour l’information en biologie
moléculaire fondée en 1988
Création de banques publiques et recherche en
bioinformatique
Développe des outils informatiques pour analyser les
données de génome et diffuser l’information médicale pour
mieux comprendre les processus moléculaires touchant la
santé humaine et la maladie
9 Mes principales sources d’inspiration
Sites généralistes
Un dictionnaire : http://fr.wiktionary.org/
Une encyclopédie : http://fr.wikipedia.org/
Sites français sur la Bioinformatique
Infobiogen (fermé maintenant) : http://www.infobiogen.fr/
Autoformation (Paris V) : http://www.dsi.univ-paris5.fr/bio2/autof2/
Interstices (culture scientifique) : http://interstices.info/
Sites en anglais sur la bioinformatique
2can (tutoriels de l’EBI) : http://www.ebi.ac.uk/2can/tutorials/
Les aides fournis par les logiciels
Les articles scientifiques
Les cours de mes collègues du LIFL
Jean-Stéphane Varre, Hélène Touzet, Maude Pupin
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