Axe : Analyse structurale et métabolomique Présentation des plates ...
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- cours - matière potentielle : du développement
- µm localisation des rhamnogalacturonanes dans la lamelle moyenne et au bord des espaces intercellulaires
- substitution spectre de masse spectre
- jaa banque de données protéome pariétal
- multispectral imaging lab
- rmn ¶
- iβ iβ
- large collections
- iα iα
- protéine oligosaccharide
- collection
- collections
Axe : Analyse structurale et métabolomique Présentation des lates-formes: BIBS(INRA, Nantes – H Rogniaux) Plate-forme analytiqueduLABERCA(ONIRIS, JP Antignac)
Témoi naescientifi ue de l’utilisation de cesdeux lates-formes: « Altérations du métabolome plasmatique et du protéome cérébral des ratons présentant un retard de croissance intra-utérin » MC Alexandre-Gouabau (UMR PHAN, Nantes)
CEPIA–UR BIA Centre ANGERS-NANTES
BIBS Biopolymères, BiologieStructurale
Microscopies Spectrométrie demasse RMN •Structure des biopolymères •Organisation, interactions •Localisation •Mobilité, dynamique
http://www.angers-nantes.inra.fr/plates_formes_et_plateaux_techniques/plate_forme_bibs/
interface
cellule
10-1 mm
gouttelette
100 µm
mousse
tissu
molécule
molécule
O
H HO O OH
MS
CH3 O
1 µm
nm
COOH O OH
O
100 nm
OH
OH OH OH HO oligosaccharide
10-1 cm
Microscopies(fluorescence, TEM, AFM)
5862 µm
RMN
organe
protéine
800nm
organelle
10-1 cm
10-1 mm
100 µm
1 µm
100 nm
Dynamiquemoléculaire (mobilité,hydratation)
Organisation,Interactions
Localisation
nm Structure moléculaire Profil moléculaire
Ressources biologiquesd’origine végétale, marine, animale-Aliments,matériaux
Quellesrelationsentre structure &propriétés? (biologiques, nutritionnelles, technologiques)
Quelsmécanismesde construction dessystèmes ? (cinétique, biosynthèse, mécanismes d’assemblage)
Quelle évolution enréponse aux variables éco-physiologiqueset génétiques?
Spectre RMN
C 1 Ia Ib Ib
C 2 ,3,5
80
70
90
100
CH3 O
O
COOH O OH
OH OH HO
Structure fine, y compris substitution
Exemple
30-35 jaa (VM)
H HO O OH
Localisation des rhamnogalacturonanes dans la lamelle moyenne et au bord des espaces intercellulaires à 14 jaa et dans toute la paroi primaire à partir de 21 jaa
Expansion cellulairedu péricarpe de tomate au cours du développement
5862 µm
21 jaa
14 jaa
60
Perte de 60 Fragmentation intracyclique
ppm
C 6 Cr
Am
C 4 Cr
Am
Ia+ Ib
Ib
Perte de 176 : perte d’un acide galacturonique
Ia
110
Spectre de masse
O
OH
OH
Expansion cellulairedu péricarpe de tomate au cours du développement
Exemple
5862 µm
Localisation des rhamnogalacturonanes dans la lamelle moyenne et au bord des espaces intercellulaires à 14 jaa et dans toute la paroi primaire à partir de 21 jaa
14 jaa
21 jaa
30-35 jaa (VM)
Protéome pariétal
Banquede données
Prélèvement des protéines
Identification des protéines par comparaison aux DB
Troiscomposantesinstrumentales:
RMN
Solid state NMR Liquid NMR Low field NMR
Microscopies
MCBL TEM et cryoTEM AFM
Spectrométrie de masse
MALDI-TOF/TOF ESI-IT ESI-Q-TOF ESI-Orbitrap
Nouvelle composante: criblagecompositionnelet structuraldesbiopolymères dans des collections larges d’échantillons
Chemotyping/Phenotyping
Multispectral imaging lab
Macro-imaging • multi-spectral • hyperspectral IR
Biochemicallab
Samplepreparation Composition • GC • HPLC Mass fingerprint • MALDI-MS
Screeningoflarge collections ||correlativedescription of chemical& structuralvariabilit
• collections • mutants (TILLING) • experimental series (genotypes X environment, process)
Data interpretation & handling
BIBS
Mass SpectrometryLab
Microscopy Lab
Nuclear magnetic resonanceLab
Refinedanalyses of targeted samples
Règles def http://www.a
1. 2.
Conta Offre d
Fonctionnement
+ C. Alvarado
L. Foucat
D. Ropartz
H. Rogniaux
C. Gaillard A. Geairon
AC Leroux
L. Chevrel
B. Bouchet
2010
